В ноябре 1918 г. переехал в Вильну (Вильнюс). Позднее было учреждено Каунасское православное духовное правление. Постановлением патриарха Тихона и Синода от 28 июня 1921 г. епископ Елевферий (Богоявленский) был возведён в сан архиепископа и назначен на Виленскую кафедру правящим архиереем. С 14 октября 1922 г. до начала февраля 1923 г. архиепископ Елевферий (Богоявленский) находился под арестом по приказу польских властей (Виленский край официально был присоединён к Польше в марте 1922 г.). После освобождения Елевферий (Богоявленский) был выслан из Польши, 6 февраля прибыл в Каунас – временную столицу Литовской республики. В связи с тем, что кафедральный Петропавловский собор в Каунасе ещё в 1919 г. был отобран у верующих, кафедральным храмом стала кладбищенская Воскресенская церковь. В 1932 г. был заложен каунасский кафедральный Благовещенский собор (освящён в 1935 г.). В октябре 1939 г. Виленский край был передан Литве, митрополит Елевферий (Богоявленский) вернулся в Вильнюс. 26 апреля 1942 г. Виленский митрополит Сергий (Воскресенский) возглавил хиротонию архимандрита Даниила (Юзвьюка) во епископа Ковенского (Каунасского), викария Литовской епархии. После убийства 23 апреля 1944 г. митрополита Сергия (Воскресенского) епископ Даниил (Юзвьюк) стал первым кандидатом на должность экзарха согласно завещанию покойного. 8 мая епископ Даниил (Юзвьюк) объявил о вступлении в должность временно управляющего Виленской и Литовской епархией с правами заместителя Патриаршего экзарха Прибалтики, тогда же он был возведён в сан архиепископа Ковенского. В июле 1944 г. смещён с кафедры оккупационными властями и арестован, освобождён в мае 1945 г. Жил в Чехословакии, в конце 1945 г. вернулся в СССР, в январе 1946 г. (по другим данным, 30 декабря 1945 г.) назначен на Пинскую и Брестскую кафедру. Ковенское викариатство впоследствии не замещалось. Епископы: Платон (Городецкий; 8.09.1843 г. – 6.11.1848 г.), Евсевий (Ильинский; 1.01.1849 г. – 29.03.1851 г.), Филарет (Малышевский; 28.05.1851 г. – 13.09.1860 г.), Александр (Добрынин; 21.11.1860 г. – 14.08.1868 г.), Иосиф (Дроздов; 11.09.1868 г. – 7.12.1874 г.), Евгений (Шерешилов; 10.02.1875 г. – 16.05.1877 г.), Владимир (Никольский; 16.05.1877 г. – 14.05.1881 г.), Донат (Бабинский-Соколов; 14.05.1881 г. – 6.03.1882 г.), Сергий (Спасский; 30.05.1882 г. – 7.06.1885 г.), Смарагд (Троицкий; 15.09.1885 г. – 2.10.1886 г.), Антонин (Державин; 18.10.1886 г. – 14.03.1889 г.), Кирилл (Орлов; 13.05.1889 г. – 26.12.1890 г.), Григорий (Полетаев; 3.02.1891 г. – 21.11.1892 г.), Христофор (Смирнов; 19.12.1892 г. – 6.06.1897 г.), Михаил (Темнорусов; 6.08.1897 г. – 22.09.1899 г.), Михаил (Ермаков; 20.10.1899 г. –  6.09.1903 г.), Сергей (Петров; 6.09.1903 г. – 25.01.1907 г.), Кирион (Садзаглишвили (см. Кирион III); 25.01.1907 г. – 15.02.1908 г.), Владимир (Филантропов; 22.02.1908 г. – 25.06.1911 г.), Елевферий (Богоявленский; 21.08.1911 г. – 15.06.1921 г.), архиепископ Даниил (Юзвьюк; 26.04.1942 г. – январь 1946 г. (30.12.1945 ?); в сане архиепископа с мая 1944 г.).