Несмотря на потерю японцами наступательной инициативы, поражение и необеспеченность коммуникациями, настаивал на продолжении кампании и наступлении на Китай. Из-за таких взглядов Като Киёмаса вступил в открытый конфликт с Кониси Юкинагой и Исидой Мицунари, которые пытались заключить с корейско-китайской коалицией мир и спасти японское войско от полного уничтожения. В 1596 г. на него был сделан донос. Като Киёмаси вернули с фронта и посадили под домашний арест в замке Фусими, резиденции Тоётоми Хидэёси. Во время ареста в Киото произошло сильное землетрясение. Тревожась за жизнь своего сюзерена Тоётоми Хидэёси, Като Киемаси выскользнул из-под ареста и прибыл в его ставку. Растроганный такой преданностью, хозяин простил подчинённого и в 1597 г. вновь назначил его одним из командиров экспедиционного корпуса в Корее. В ходе второй корейской кампании Като Киёмаса руководил обороной Ульсана. Его 10-тысячное войско в течение месяца отражало штурмы 60-тысячной корейско-китайской армии. За боевую доблесть противники прозвали Като Киёмаса «кисёкан», т.е. «полководец-дьявол». В конце 1598 г., после окончания корейской войны, Като Киёмаса вернулся в Японию. В ходе политической борьбы за главенство в роде Тоётоми между Исидой Мицунари и Токугавой Иэясу поддержал Токугаву Иэясу. В 1600 г. руководил войсками союзников Иэясу Токугавы на острове Кюсю. После битвы при Сэкигахаре, Като Киёмасе была дарована вся провинция Хиго, доходом 540 тысяч коку, за исключением островов Амакуса и Кума. Он стал основателем и первым правителем автономного удела княжество Кумамото. Его усилиями был перестроен замок Кумамото, заложены основы города Кумамото и упорядоченно движение рек в равнине Хиго. Одновременно с этим, он способствовал процветанию буддистской секты Нитирэн и был одним из первых японских правителей, кто организовал жестокие преследования христиан в своих владениях. В битве при Хондо, приказал своим людям разрезать животы беременным женщинам-христианкам и отрубить головы их нерождённым детям. В 1603 г. Императорский двор удостоил Като Киёмасу четвёртым младшим рангом и титулом Хиго-но-ками. Впоследствии, по приказу сёгуна Иэясу Токугавы, руководил строительством замка Нагоя. В конце жизни Като Киёмаса пытался примирить сёгуна Иэясу Токугавы с Тоётоми Хидэёри, сыном его покойного хозяина Тоётоми Хидэёси. В 1611 г. оба встретились при посредничестве полководца в столичном замке Нидзё. Однако усилия Като Киёмасы были прерваны его преждевременной смертью 2 августа 1611 г. от кровоизлияния в мозг. По преданию, его отравили агенты Иэясу Токугавы во время встречи в Нидзё, поскольку полководец мешал сёгунату уничтожить род Тоётоми. Като Киёмаса похоронен в монастыре Хонмё-дзи в городе Кумамото. В том же городе стоит святилище Като Киёмаса, в котором покойного полководца почитают как синтоистское божество.