Волею судьбы Я.Д. Коблов оказался во Владивостоке, в только что созданном по инициативе общественности Государственном Дальневосточном университете (ГДУ). В 1920/1921 академическом году он состоял в должности профессора философии историко-филологического факультета ГДУ, преподавал общий курс педагогики, занимался общественной работой: читал лекции на курсах Пролеткульта, возглавлял Секцию высшей школы, содействовал пополнению фондов научной библиотеки ГДУ. Осенью 1920 года Я.Д. Коблов выступил инициатором учреждения в ГДУ кафедры педагогики, представив декану историко-филологического факультета профессору Александру Петровичу Георгиевскому обстоятельную докладную записку о необходимости специальной педагогической подготовки будущих физиков, математиков, биологов; доказывал необходимость учреждения в вузе самостоятельной кафедры педагогики для подготовки будущих специалистов, занимающихся научно-философскими и педагогическими проблемами. Совет ГДУ, разделяя мнение Я.Д. Коблова, возбудил соответствующее ходатайство перед Временным Приамурским правительством, которое было удовлетворено. Таким образом, во многом благодаря профессору Я.Д. Коблову в ГДУ было создано самостоятельное учебно-научное подразделение – кафедра педагогики. В начале следующего академического года Я.Д. Коблов выступает с предложением создать кафедру «науки о религии», подробно излагая свои соображения по этому поводу в докладной записке на имя декана историко-филологического факультета. В ней он последовательно проводит мысль, что «учреждение кафедры науки о религии при университете совершенно необходимо и в полной мере целесообразно», т.к. «вне зависимости от отношения к религии … проявления религиозного чувства имеют полное право на изучение их во всём их богатстве и разнообразии»; особо отмечает, что изучение религии имеет «глубокое образовательное значение, а также для выработки мировоззрения» и должно быть «вполне объективным и вне вероисповедным». Судьба этого проекта остаётся для исследователей неизвестной. Исследователи полагают, что положительному решению данного вопроса помешало изменение общественно-политической ситуации на Дальнем Востоке. Казалось бы, в изменившихся условиях Я.Д. Коблов сумел продолжить общественно-педагогическую деятельность и научные исследования, используя свои знания и богатый опыт. Однако после советизации Дальнего Востока и реорганизации ГДУ Я.Д. Коблов, имеющий богословское образование, оказался не нужен советской высшей школе. В результате вузовской «чистки» Я.Д. Коблов, как бывший миссионер был «поражён в правах», лишён учёного звания, переведён на должность преподавателя русского языка на рабочий факультет ГДУ. Несмотря на все перипетии Я. Д. Коблов остался верен выбранному пути, продолжил научно-педагогическую деятельность, исследование вопросов философии, педагогики и методики преподавания, о чём свидетельствуют архивные данные и его публикации. Последние документальные свидетельства о Я.Д. Коблове относятся к 1937 г., после чего следы теряются. Восстановить неизвестные факты биографии этого выдающегося педагога-просветителя, оценить по достоинству его вклад в дело народного просвещения, подготовку национальных педагогических кадров ещё предстоит современным исследователям.