В 1905–1907 гг. И.В. Каргель преподавал на шестинедельных библейских курсах, организованных Иваном Степановичем Прохановым в доме княгини Н.Ф. Ливен (темой его лекций было учение о грехе и об освящении). В 1906–1907 гг. И.В. Каргель также проповедовал в Либаве (ныне Лиепая, Латвия) и Виндаве (ныне Вентспилс, Латвия). В 1906 г. поддержал создание межденоминационного Евангельского союза. И.В. Каргель сохранял доброжелательные отношения как с И.С. Прохановым, который в 1903 г. создал собственную общину из прихожан И.В. Каргеля, а затем зарегистрировал её как «Первую общину евангельских христиан» (община И.В. Каргеля получила официальную регистрацию как «Вторая община евангельских христиан»), так и с Вильгельмом Андреевичем Фетлером, который сначала вошёл в общину И.В. Каргеля, а затем в 1907 г. также основал собственную общину; сотрудничал в издавашимся им баптистском журнале «Гость» и поддерживал его инициативу создания «Братства деяний апостолов» на основе синтеза доктрин общих баптистов и пятидесятников для борьбы с «маловерием в церкви» (это начинание было созвучно идее самого И.В. Каргеля об учреждении особого сообщества –  «Церкви святых», которое объединило бы «преображённых в образ Христа»). Для достижения святости требовалось целенаправленное духовное воспитание, чем И.В. Каргель всегда занимался. В 1908 г. в Санкт-Петербурге была опубликована работа И.В. Каргеля «Свет из тени будущих благ, или 32 беседы о скинии и священстве». Он называл ветхозаветный закон «тенью будущих благ», которые верующие обретут после появления в мире Христа; останавливался на устройстве иерусалимского храма, скинии, облачениях священников и обрядовой стороне закона в целом, утверждая, что всё в нём указывало на грядущее явление Христа. В 1913 г. И.В. Каргель совместно с И.С. Прохановым принял участие в составлении для властей «Записки о правовом положении евангельских христиан в России», где было подробно изложено вероучение евангельских христиан. После Октябрьской революции 1917 г. И.В. Каргель продолжил проповедническую и преподавательскую деятельность с 1920 г. в городе Сумы, в 1922–1924 гг. в селе Николаевка (ныне Сумской области), в 1925–1929 гг. в Ленинграде. На годичных ленинградских курсах читал лекции по догматике, толкованию «Откровения» Иоанна Богослова, учению о Втором пришествии Иисуса Христа. Всего за период деятельности курсов их прослушало около 400 человек. В 1920 гг. И.В. Каргель написал одну из самых известных работ – «Толкователь Откровения св. Иоанна Богослова», которая ходила в списках (1924, 1928 гг.) до 1991 г. В 1929 г. И.В. Каргель, которому в это время было уже 80 лет, стал так называемым лишенцем и был выслан с дочерьми из Ленинграда. Сначала они поселились в селе Токари, а затем в городе Лебедин. И.В. Каргель преподавал в школе братских меннонитов (до 1932 г.). В 1937 г. И.В. Каргель был арестован и посажен в тюрьму города Сумы, все его бумаги были конфискованы. Затем ввиду преклонного возраста и болезни И.В. Каргеля освободили, в ноябре 1937 г. он скончался. Три его дочери никогда не были замужем и посвятили себя делу отца, в 1937 г. они также были арестованы. Елена была расстреляна, Мария и Елизавета – сосланы, а затем отправлены на поселение. Наиболее известные работы И.В. Каргеля: «Христос – освящение наше», «В каком ты отношении к Духу Святому?» (СПб., 1912 г.), «Се, гряду скоро» (Петроград, 1916 г.), «Толкование на Послание к Римлянам» (1937 г.).