Последние дипломатические переговоры, в которых участвовал Ф.В. Курицын, прошли в апреле 1500 г., когда в Москву вновь приехало литовское посольство. Ф.В. Курицын озвучил послам ответ Ивана III Васильевича, в котором выражалось резкое недовольство принуждением великой княгини Литовской Елены перейти «к римскому закону» и политикой в отношении православных в Великом княжестве Литовском, а также нежелание выдать выехавших в Россию представителей православной знати. Причины неучастия Ф.В. Курицына в последующей дипломатической деятельности исследователям неясны. Исследователи полагают, что это могло быть связано как с состоянием его здоровья, так и с началом в мае 1500 г. войны с Великим княжеством Литовским, во время которой его навыки по урегулированию русско-литовских отношений оказались не востребованными. В мае 1503 г. в книге дипломатических сношений с Польско-Литовским государством об одном из служащих Посольского приказа говорится, что он «Федоровской подьячей Курицына» («Сборник русского исторического общества», том 35). Исследователи полагают, что Ф.В. Курицына в это время в живых уже не было. По предположению Якова Соломоновича Лурье, Ф.В. Курицын был по распоряжению Василия III Ивановича арестован, заточён в монастырскую тюрьму, где вскоре скончался (однако прямые или косвенные данные о том, что дьяк скончался в опале, отсутствуют). Ф.В. Курицын владел землями в Дмитровском уезде, память о чём сохранялась до 1520 гг. («Акты феодального землевладения и хозяйства», часть 1). Новгородский архиепископ Геннадий (Гонзов) и преподобный Иосиф Волоцкий обвиняли Ф.В. Курицына в причастности к ереси «жидовская мудръствующих». Покровительство новгородским еретикам в Москве святитель Геннадий (Гонзов) в 1490 г. в посланиях к митрополиту Зосиме и Собору духовенства связывал с возвращением Ф.В. Курицына из дипломатической поездки в Венгрию. Архиепископ Геннадий (Гонзов) считал, что Ф.В. Курицын был «началник тем всем злодеем»: «...Да он-то у них и печалник, а о государской чести попечениа не имеет». Иосиф Волоцкий в «Книге на новгородских еретиков» (конец XV – начало XVI вв., с XVII в. более известна под названием «Просветитель») писал, что Ф.В. Курицын был одним из учеников переселённых Иваном III Васильевичем в Москву новгородских попов-еретиков Алексея и Дениса, ставших священниками Успенского и Архангельского соборов в Кремле. Ф.В. Курицын, по сообщению волоцкого игумена, увлекался астрологией и чёрной магией: «Толико же дрьзновение тогда имеаху к державному протопоп Алексей и Федор Курицын, яко никто же ин: звездозаконию бо прилежаху, и многым баснотворениемь и астрологы и чародейству и чернокнижию». На Московском Соборе против «новоявившейся ереси» в октябре 1490 г., проводившемся под председательством митрополита Зосимы, Ф.В. Курицын, однако, осуждён не был. По мнению большинства исследователей, после Собора 1490 г. продолжал своё существование «московский кружок еретиков» во главе с Ф.В. Курицыным, в который входила и Елена Стефановна Волошанка (кружок был разгромлен в 1504 г., уже после смерти Ф.В. Курицына и заключения под стражу Елены Стефановны и бывшего наследника престола Дмитрия Ивановича Внука). Обвинение Ф.В. Курицына в ереси основано не на соборном осуждении, а на указании на него как на одного из московских еретиков в произведениях Геннадия (Гонзова) и Иосифа Волоцкого. Имя Ф.В. Курицына было включено в чин анафематствования Синодика в Неделю Православия Троице-Сергиева монастыря 1620 гг. (Российская государственная библиотека), однако в других списках Синодика XVI–XVIII вв. всех трёх известных редакций XVI в. Ф.В. Курицын не упоминается («Труды отдела древнерусской литературы», 1957 г., том 13).