О Воскресенской церкви писали исследователи и историки Иван Васильевич Баженов, Николай Васильевич Покровский, Иван Александрович Шляков, Георгий Крескентьевич Лукомский, её изображали художники Николай Константинович Рерих, Борис Михайлович Кустодиев, Никанор Григорьевич Чернецов. 26 июня 1909 г. храм посетили участники проходившего в Костроме четвёртого областного историко-археологического съезда, пояснения им давал Николай Васильевич Покровский, директор Санкт-Петербургского археологического института. В 1922 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей, из Воскресенского и Знаменского храмов были вывезены серебряные изделия общим весом 9 пудов 35 фунтов (около 158 кг). Оба храма были закрыты в начале 1930 гг. Воскресенская церковь, формально переданная городскому музею, долгое время использовалась под склад ячменя пивоваренного завода. В 1936 г. была разрушена колокольня, а строительный материал использован Костромским спиртзаводом, затем в полуразрушенном здании Знаменского храма был гараж. В 1937 г. приняли решение в Воскресенской церкви устроить филиал музея «Раннее зодчество и его социальные корни», но фактически до 1941 г. в храме находился склад ячменя. Во время Великой Отечественной войны в Воскресенской церкви размещался военный склад. 28 июля 1946 г. в Воскресенском храме, возвращённом РПЦ, состоялось первое после закрытия богослужение, которое возглавил епископ Костромской и Галичский Антоний (Кротевич). В 1964–1991 гг. Воскресенская церковь была кафедральным собором Костромы, здесь находилась главная святыня Костромского края – чудотворная Феодоровская иконы Божьей Матери. В 1991 г., после того как кафедральным стал Богоявленско-Анастасиин собор одноимённого костромского монастыря, храм Воскресения Христова на Дебре вновь был утверждён приходским, но сохранил соборный статус. 7 мая 1993 г. его посетил патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер). Первой настоятельницей Костромского в честь иконы «Знамение» женского монастыря стала игуменья Феофания (Ложкина). С 25 марта 2004 г. монастырь возглавляла игуменья Людмила (Охотникова). К началу 2010 г. в обители проживало 18 насельниц, к концу 2014 г. – около 10. При основании монастырю был передан и после восстановления 8 августа 2009 г. освящён Знаменский храм. 26 сентября 2001 г. архиепископ Костромской и Галичский Александр (Могилёв) освятил восстановленную колокольню (автор проекта архитектор Леонид Сергеевич Васильев) Знаменской церковь. С 1997 г. при Костромском в честь иконы «Знамение» женском монастыре действует Медицинский центр во имя великой княгини Елисаветы Фёдоровны, включающий стоматологический и офтальмологический кабинеты. Есть небольшая богадельня. К обители приписана находящаяся на Центральном кладбище Костромы церковь в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость», перестроенная из здания ритуальных услуг (проект архитектора Иосифа Шефтелевича Шевелёва) и освящённая 27 августа 1999 г. Среди святынь Костромского в честь иконы «Знамение» женского монастыря – чтимые списки чудотворной Феодоровской иконы Божьей Матери и почитаемой иконы святителя Николая Чудотворца из Бабаевского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря, а также ковчег с частицами мощей Киево-Печерских святых.