Во время Сербско-болгарской войны 1885 г. был в числе учредителей и председателем (до 1887 г.) Болгарского общества Красного Креста. В 1885 г. возглавил болгарскую делегацию, направленную для встречи с российским императором Александром III с целью получить поддержку объединения Болгарии с Восточной Румелией, против чего выступала Австро-Венгрия. Как сторонник конституционной системы управления, Климент препятствовал намерениям болгарского князя расширить свои полномочия. В ходе кризиса, вызванного отстранением от власти князя Александра, 9 августа 1886 г. Климент возглавил болгарское правительство, но уже 12 августа был смещён сторонниками князя, арестован и на короткое время заточён в Буховский монастырь. При болгарском князе Фердинанде Саксен-Кобург-Готском (1886–1918 гг.; с 1908 г. – царь), который ориентировался, прежде всего, на Германию и Австро-Венгрию, премьер-министр Болгарии Стефан Стамболов лишил Климента полномочий делегата Экзархата. Причиной послужили прорусские взгляды и убеждение Климента, что болгарским православным народом должен управлять православный монарх (поэтому на службах вместо католика князя Фердинанда он поминал российского императора). Ему было запрещено служить в храмах Тырнова. Когда Синод Болгарского экзархата попытался защитить Климента, то был распущен властями. В 1888 г., после отказа участвовать в торжественной встрече князя Фердинанда в Тырнове, Климент был помещён под домашний арест. В проповеди, произнесённой 14 февраля 1893 г. (в день рождения князя Фердинанда) в кафедральном соборе Тырнова, Климент, не упомянув об имениннике, раскритиковал намерение властей разрешить крестить болгарского престолонаследника (будущего болгарского царя Бориса III, родившегося 30 января 1894 г.) по католическому обряду. В результате Климент был обвинён в оскорблении правителя, в призыве к бунту и заточён в Лясковский монастырь. Во время судебного процесса его хотели приговорить к смертной казни, но в августе 1893 г. сослали на «вечное заточение» в Гложенский монастырь, где он содержался в тяжёлых условиях. В июне 1894 г., после отстранения Стефана Стамболова, княжеским указом Климент был освобождён. В 1895 г. Климент возглавлял болгарскую делегацию для приветствия нового российского императора Николая II: 5 июля он был принят императором и способствовал урегулированию болгаро-российских дипломатических отношений. 15 февраля 1896 г. участвовал в обряде повторного крещения по православному обряду болгарского престолонаследника Бориса. В последние годы жизни, несмотря на подорванное здоровье, Климент работал над сводом церковных правил, был почётным председателем Болгарского литературного общества, с 1898 г. – главой комиссии Синода Болгарского экзархата по переводу Священного Писания на болгарский язык. Климент занимался переводами и литературным творчеством. Его повесть «Несчастное семейство» (или «Несчастный род», Киев, 1880 г.) и историческая драма «Иванко, убийца Асеня» (Браила, 1872 г.) считаются первыми произведениями этих жанров в болгарской литературе. Публиковал в различных изданиях многочисленные политические, церковные и литературно-критические статьи. Его яркие проповеди, в основном, были посвящены политической ситуации в Болгарии, пронизаны патриотизмом и любовью к России. Погребён в приделе кафедрального собора Рождества Пресвятой Богородицы в Тырнове.