Развод с Марией и новый брак Константина VI вызвали протест дальних родственников Феодоты – игумена Саккудийского монастыря преподобного Платона и его племянника преподобного Феодора (впоследствии Феодор Студит). Они разорвали общение с Константинопольским патриархом Тарасием, который позволил игумену Кафарского монастыря Иосифу обвенчать Константина VI с Феодотой (так называемая михианская схизма). Игнатий Диакон рассказывает о порочности Константина VI и о его «упорстве во грехе», а более поздние источники – о том, что Константин VI угрожал Тарасию восстановить иконоборчество и даже идолопоклонство, однако всё это сообщалось, скорее всего, как полагают исследователи, с целью оправдать поведение патриарха во время «михианской схизмы». Часть недовольных заключённым браком была заточена в тюрьму, часть – сослана в Фессалонику. В 796 г. болгарский хан Кардам потребовал выплатить дань, в ответ на что Константин VI отправил ему конский навоз в платке. Император выступил с войском во Фракию, но хан не принял бой. В июле 797 г., когда Константин VI вернулся из безуспешного похода против арабов, некие солдаты из тагм (столичных гвардейских частей) попытались его схватить. Тогда он переправился в Малую Азию, чтобы собрать фемные войска. Императрица Ирина, по утверждению Феофана, была очень напугана намерениями Константина VI и думала послать к нему епископов, чтобы получить гарантии неприкосновенности, а затем удалиться от дел. Однако среди сопровождающих императора были верные ей люди, и она дала им знать, что выдаст их, если те не доставят Константина VI в столицу. 5 августа его переправили в Константинополь и заточили во дворце. Там Константина VI ослепили в той самой палате Порфира, где он появился на свет. Смерть Константина VI исследователи датируют по-разному. Из рассказа Феофана Исповедника исследователи сделали вывод, что император умер вскоре после ослепления, однако согласно другим источникам, он дожил до правления императора Никифора I (802–811 гг.). Хроника Симеона Логофета (конец X в.) утверждает, что после свержения Константин VI жил в странноприимном доме Исидора (позднее монастырь Покаяния), а когда к власти пришёл Никифор I, показал ему, где во дворце спрятаны сокровища (последнее сообщение исследователи считают одной из легенд на тему алчности Никифора I). Преподобный Феодор Студит говорил, что император Никифор I вернул тело Константина VI его законной супруге. Впоследствии саркофаг Константина VI из вифинского мрамора находился в монастыре Ливадия, так называемом монастыре «Госпожи Евфросинии» (по имени дочери Константина VI императрицы Евфросинии), рядом с могилами Марии Амнийской и их с Константином VI дочерей.