При Католическом институте существует несколько автономных институтов. Институт религиозного образования (Institut d'Études religieuses) предлагает учащимся комплекс кратких курсов по Священному Писанию, литургике, догматическому и моральному богословию, философии и истории церкви. Занятия ведутся два дня в неделю, обучение состоит из двух уровней по два года. После окончания второго курса выдаётся диплом государственного образца. Институт подготовки кадров в области посредничества и переговоров (Institut de formation à la mediation et à la negociation) был открыт в 1997 г., обучение в нём рассчитано на один год. Институт французского языка и культуры (Institut de langue et de culture françaises) позволяет изучать французский язык на любом уровне на месячных курсах, а после окончания полной программы (один год) выпускники получают негосударственный диплом по французской культуре. В 1976 г. при Католическом институте был открыт Университет середины жизни (Université du milieu de la vie) для пожилых людей, пенсионеров, желающих получить образование в области религиоведения, истории, литературы, искусства и иностранных языков; возрастных и образовательных ограничений на поступление не предусмотрено, после окончания обучения дипломы не выдаются. В 1957 г. в связи с подписанием «Римского договора», заложившего основы формирования будущего Евросоюза, был основан Институт менеджмента и межкультурной коммуникации (Institut de management et de communication interculturels), который готовит профессиональных переводчиков (после окончания обучения выдаются дипломы государственного образца). Институт подготовки кадров для католического образования (Institut supérieur de formation de l'enseignement catholique) создан для обучения воспитателей католических детских садов и начальных школ. Курс рассчитан на два года; зачисление производится только после успешной сдачи зачёта на профессиональную пригодность. Парижский Высший институт электроники (Institut superieur d'electronique de Paris) был учреждён в 1955 г. Он продолжает традиции факультета естественных наук, одного из трёх первых факультетов Парижского католического университета. С 1959 г. институт готовит инженеров различного профиля по трёх- и пятилетним программам; в 1971 г. получил официальное государственное признание. С Католическим институтом ассоциирован Политехнический институт святого Жан-Батиста де ла Салля в Бове (Institut polytechnique La Salle Beauvais), который был создан в 2006 г. в результате слияния Высшего института сельского хозяйства в Бове (Institut supérieur d'agriculture de Beauvais; основан членами конгрегации Братьев христианских школ католического св. Ж. Б. де ла Салля) с Геологическим институтом Альбера де Лаппарана (Institut géologique Albert-de-Lapparent). Институт готовит инженеров сельского хозяйства, пищевой промышленности и геологии по трёх- и пятилетним программам, после окончания выдаются дипломы государственного образца о высшем профессиональном техническом и инженерном образовании в области сельского хозяйства, продовольствия, охраны здоровья и геологии. В структуру Католического института входят несколько высших школ: Высшая школа экономических и коммерческих наук (École supérieure des sciences économiques et commerciales; основана в 1907 г.) после двух циклов обучения выдает дипломы государственного образца, а также предоставляет возможность обучения в докторантуре; Школа библиотекарей-архивистов (École de bibliothécaires-documentalistes; основана в 1935 г.);