Источником этого необычного типа центрической постройки был проект церкви Фонтанного подворья в Санкт-Петербурге Пьетро Антонио Трезини (храмы такого типа часто возводили в Подмосковье и провинции во второй половине XVIII в.). Изначально фасады Влахернской церкви были богато украшены лепниной в духе «стиля Растрелли». Р.Р. Казаков срубил лепнину и придал зданию более строгий классицистический облик, украсив все четыре фасада одинаковыми четырёхколонными тосканскими портиками. О стиле барокко напоминают лишь круглые окна верхнего света. На место прежнего восьмерика был водружён цилиндрический световой барабан под купольной кровлей, увенчанной фонариком-беседкой с лёгкой колоннадой. Причём в основании барабан имел дополнительный свод, прорезанный четырьмя световыми арками и окулусом посередине (сложная конструкция уничтожена при переделках советского времени и не полностью воссоздана в 2000 гг.). Рядом с основным объёмом Р.Р. Казаков возвёл отдельно стоящую двухъярусную колокольню (позднее она была соединена с храмом небольшим переходом). Цилиндрический объём, в обоих ярусах украшенный тосканскими колоннами и завершённый куполом с фонариком, аналогичным тому, что на храме, напоминает исследователям колокольню московской церкви Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» на Большой Ордынке, построенную в 1783–1791 гг. В.И. Баженовым. Влияние В.И. Баженова на Р.Р. Казакова сказывалось не только в том, что на этом строительстве он давал своему ученику консультации практического характера (что известно документально). Уже в архитектуре Влахернской церкви и особенно в последующих постройках Р.Р. Казакова исследователи видят черту, роднившую его с В.И. Баженовым в большей степени, чем с М.Ф. Казаковым, – пристрастие к ордеру, обильное использование колонн. Помимо церкви Р.Р. Казаков был причастен и к другим сооружениям в Кузьминках. В 1783–1789 гг. он реконструировал старинный барский дом (сгорел в 1916 г.), флигеля и людскую «слободку»; спроектировал хозяйственные здания так называемого садоводства. При этом исследователям всё же трудно отделить работу Р.Р. Казакова от работы его конкурента И.В. Еготова, который первоначально был на вторых ролях, но возглавил работы после смерти Р.Р. Казакова. В 1791 г. Р.Р. Казаков получил заказ на постройку церкви св. Мартина Исповедника в Алексеевской Новой слободе в Москве (ныне улица Александра Солженицына), которая стала самой известной его работой. Вкладчиком храма был живший по соседству купец и впоследствии городской голова Василий Яковлевич Жигарев. Храм строился до 1806 г., и многие детали убранства остались незавершёнными из-за смерти Р.Р. Казакова. По преданию, образцом для постройки был собор св. Павла в Лондоне (1675–1708 гг., архитектор Кристофер Рен).