Некоторое время архимандрит Варлаам был наместником московского монастыря Донской иконы Божьей Матери, затем вновь возглавил Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовский мужской монастырь, где и скончался. В 1751–1753 гг. настоятелем Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовского мужского монастыря был архимандрит Феодосий, в 1763–1774 гг. – архимандрит Исаакий, сын священника города Шацка Тамбовской губернии, принявший постриг в Саровской пустыни. В 1764 г. монастырь был причислен ко второму классу, в 1774 г. подвергнут разграблению участниками Пугачёвского восстания. По легенде, насельники спрятали в монастырских подвалах самые ценные предметы церковной утвари. За встречу Емельяна Пугачёва в обители архимандрит Исаакий был лишён сана, монашества и сослан в Сканов во имя Святой Троицы монастырь, где вскоре скончался. В 1779 г. настоятелем Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовского мужского монастыря был назначен архимандрит Иоанникий (Никифорович-Полонский), переведённый из владимирского Константино-Еленинского монастыря. «За усердие к просвещению» архимандрит Иоанникий был награждён архиерейским жезлом; он первым из настоятелей Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовского мужского монастыря стал обладателем мантии со скрижалями. Последующие настоятели Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовского мужского монастыря назначались из ректоров семинарии, имели право носить мантию со скрижалями и служить до Херувимской песни при открытых царских вратах и с архиерейским жезлом. К концу XVIII в. от частых перемен настоятелей Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовский мужской монастырь пришёл в упадок. Тамбовский и Шацкий епископ Феофил (Раев) предполагал перевести штат Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовского мужского монастыря в Трегуляевский во имя св. Иоанна Предтечи монастырь близ Тамбова, чтобы дать возможность ректору семинарии управлять обителью, ближайшей к месту училищной должности. В 1802 г. Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовский мужской монастырь возглавил архимандрит Израиль, ранее восстановивший Сканов монастырь. Перед вступлением в управление Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовского мужского монастыря архимандрит Израиль подал в Синод проект о введении в обители общежития по подобию устава Саровской пустыни. Из Синода проект был возвращён епископу Тамбовскому Феофилу (Раеву) для обсуждения. К тому моменту, когда были получены разъяснения устава от игумена Саровской пустыни, вышло постановление Синода «немедленно привести проект в исполнение», руководствуясь собственными средствами. В 1814 г. архимандрит Израиль был переведён в Макариев Желтоводский во имя Святой Троицы монастырь. С 13 июля 1829 г. Казанской иконы Божьей Матери нижнеломовский мужской монастырь возглавлял архимандрит Иоанникий (Образцов; впоследствии епископ Кавказский). Настоятель (1843–1875 гг.) архимандрит Евпсихий (Горенко) провёл масштабные работы по ремонту построек монастыря, «возвысил религиозно-нравственное состояние братии», опубликовал «Историко-статистическое описание Нижнеломовского Казанского Богородицкого второклассного мужского монастыря» (1891 г.).