В 1752 г. над могилой преподобных Cepaпионa и Авраамия была сооружена часовня. По описи 1767 г., в Кожеезерском мужском монастыре находились также деревянные ограда, надвратная колокольня с семью колоколами и часами с боем. В 1653 г. в Богоявленском храме хранились образ «Милосердие Божие», икона Пресвятой Богородицы с предстоящим преподобный Корнилием Комельским «на золоте», Казанский образ Божьей Матери, «обложен серебром, позолочен, оклад резной, прикладу венец и ожерелье и рясы жемчюжны». Имелись и иконы местного письма, например, Всемилостивый Спас с предстоящими преподобными Сергием Радонежским и Варлаамом Хутынским, исполненный иконописцами Святой Горы Афонской (вклады старца Боголепа). В 1649 г. старец Боголеп пожаловал в Никольский придел Деисус, а также двери с надписями: «Зряще мя безгласна» и «Кая житейская слава печали бывает непричастна». В Никольском приделе собора под спудом почивали мощи преподобного Никодима Кожеезерского. С 1642 г. при раке хранился серебряный крест с мощами святых и частицами Животворящего Древа и ризы Господней. Над ракой висела икона Божьей Матери «Умиление», которой, по преданию, митрополит Крутицкий Пафнутий благословил монаха Никодима на пустынножительство. В алтаре Петропавловского придела хранились рукописное Евангелие, Деисус «старой церкви» (уцелевший, как полагают исследователи, при пожаре 1634 г.), «ризы полотняныя ветхи, оплечье камка синяя травчатая, поручи крашенныя ветхия, пояс шёлковый, кадило медное старое, фонарь церковный слудяной…, две окольницы слудяныя». В трапезной части собора помещались «Деисус нового письма», иконы святителя Николая Чудотворца и великомученика Георгия Победоносца, Минея общая печатная (вклад игумена Никона). Согласно Пространной редакции Жития преподобного Никодима, чудотворная икона преподобного, которой митрополит Пафнутий благословил его на пустынножительство, сгорела «вкупе же и прочими церковными и монастырскими вещми» (Российская национальная библиотека). В монастырской Иоанно-Предтеченской церкви находился почитаемый образ Божьей Матери Тихвинской, перед которым каждую субботу читали акафист. Среди реликвий в Кожеезерском мужском монастыре хранилась песцовая шуба, подаренная в 1639 г. преподобному Никодиму патриархом Иоасафом. Жезл и мантия преподобного Никодима, монастырский синодик, заведённый в середине XVI в. старцем Нифонтом, сгорели во время пожара 1884 г. В Архангельском музее хранится настоятельский посох игуменов обители. На Кожозере были написаны и первые иконы преподобного Никодима, о чём сообщалось в документе от 6 июня 1741 г.: «В расходе того числа Пияльской волости иконописцу Петру Ортемонову за письмо Богородично и двух Никодимовых образов и за дело рамок плачено девяносто копеек» (Государственный архив Архангельской области). Летом 1850 г. в приходе на Кожозере сгорела единственная ветхая церковь, а 25 января 1851 г. – часовня над могилой преподобных Cepaпионa и Авраамия. В мае по указу Cинода Кожеезерский мужской монастырь был возобновлён как приписной к Корельскому во имя святителя Николая Чудотворца монастырю.