Неоднократно посещал православные духовные учебные заведения: Свято-Владимирскую семинарию в Крествуде, штат Нью-Йорк, Свято-Тихоновскую семинарию в Саут-Кейнане, штат Пенсильвания, Греческую семинарию Святого Креста в Бруклайне, штат Массачусетс. В 1986 г. объехал приходы Аляски, где поклонился мощам преподобного Германа Аляскинского, изучал историю и современное состояние церковной жизни. Климент наладил диалог с представителями православной церкви в Америке, других поместных церквей, проводил регулярные встречи с епископами, клиром и мирянами РПЦЗ. Принимал участие в государственных и общественных мероприятиях, встречался с Президентом США Рональдом Рейганом, Генеральным секретарём ООН Хавьером Пересом де Куэльяром, с представителями Правительства США, губернаторами штатов, сенаторами, конгрессменами, общественными и религиозными деятелями. Участник поместного Собора Русской православной церкви 7–8 июня 1990 г., на котором был избран главой РПЦ патриарх Алексий II. 20 июля 1990 г. назначен архиепископом Калужским и Боровским и одновременно заместителем председателя Отдела внешних церковных сношений. Возглавлял делегации РПЦ на заседаниях межправославной Подготовительной комиссии Святого и Великого Собора по вопросам о православной диаспоре (Шамбези, Швейцария, ноябрь 1990 г.), на Конференции канонистов по православной диаспоре (Шамбези, апрель 1995 г.), на общеправославном совещании по празднованию 2000-летия Рождества Христова (декабрь 1995 г.). 6 июня 1995 г. стал председателем наградной общественной комиссии учреждённых Священным Синодом ордена и медали св. мученика Трифона. С 11 октября 1996 г. – член рабочей группы Священного Синода по выработке проекта концепции, отражающей общецерковный взгляд на вопросы церковно-государственных отношений и проблемы современного общества в целом. В 1996–2000 гг. рабочая группа подготовила «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви», утверждённые архиерейским юбилейным Собором Русской православной церкви 13–16 августа 2000 г. В 1997–2000 гг. был представителем РПЦ в Межправославной комиссии по подготовке празднования 2000-летия Рождества Христова на Святой земле (1997–2000 гг.). 26 декабря 2003 г. назначен управляющим делами Московской патриархии и постоянным членом Священного Синода РПЦ. 25 февраля 2004 г. возведён в сан митрополита. С 2004 по 2009 гг. – председатель Международных образовательных Рождественских чтений и комиссии по их подготовке и проведению. Возглавлял организационные комитеты по подготовке и проведению церковно-общественного форума «Духовно-нравственные основы демографического развития России» (октябрь 2004 г.), первого (ноябрь 2004 г.) и второго (октябрь-ноябрь 2006 г.) фестивалей православных СМИ «Вера и слово»; празднований 625-летия Куликовской битвы (май-сентябрь 2005 г.) и 90-летия восстановления патриаршества в РПЦ (октябрь-ноябрь 2007 г.). Инициатор учреждения премии и председатель комиссии РПЦ по проведению конкурса «За нравственный подвиг учителя» (2006–2009 гг.).