Во втором послании, написанном между 1235 и 1238 гг., затрагивается тема бедности в контексте новых попыток папы смягчить принцип строгой нищеты Ордена. Клара Ассизская призывает Агнессу непоколебимо держаться бедности Христовой и следовать советам генерального министра Ордена францисканцев Илии. В третьем послании (около 1243 г. или, по другим данным, 1238 г.) вновь рассматривается тема бедности как состояние душевного единения со Христом. В четвёртом послании, написанном в 1253 г., как полагают исследователи, за несколько недель до смерти Клары Ассизской, она прощается с Агнессой и доверительно называет её «половиной моей души». В послании святая призывает к мистическому обручению со Христом посредством абсолютной бедности. При папе Григории IX община, созданная Кларой Ассизской, вошла в состав основанного женского «Ордена св. Дамиана». Это изменение противоречило уставу общины Сан-Дамиано, которая должна была сохранять связь с Орденом францисканцев и соблюдать принцип абсолютной бедности, вести жизнь, лишённую каких бы то ни было привилегий, что не предусматривалось в уставе нового Ордена. Недовольство действиями папы привело к конфликту. Около 1228 г. Григорий IX направился в Ассизи для участия в церемонии канонизации св. Франциска Ассизского. Папа предложил Кларе Ассизской освободить её от обета абсолютной бедности, но святая отвергла предложение. Папа был вынужден подтвердить «привилегию бедности», данную Иннокентием III. После кончины Григория IX (22 августа 1241 г.) папа Иннокентий IV счёл необходимым составить новый устав для общины Сан-Дамиано (1247 г.), согласно которому сохранялась связь с мужским францисканским Орденом, однако женский Орден мог владеть имуществом и получать ренту, что противоречило обетам абсолютной бедности. Исследователи полагают, что по этой причине Клара Ассизская сама составила новый устав Ордена. Текст был готов к 1251 г. и отправлен кардиналу Ринальдо, который покровительствовал святой. 9 августа 1253 г. устав был утверждён папой Иннокентием IV. Когда находившейся при смерти Кларе Ассизской принесли папскую буллу «Solet annuere», утверждавшую устав Ордена, она поцеловала печать и спустя два дня скончалась. Устав Клары Ассизской стал первым в истории католической церкви нормативным документом женской монашеской общины, который был составлен женщиной и получил официальное папское утверждение. В текст устава были включены первые указания Франциска Ассизского Кларе Ассизской и членам её общины. Клара Ассизская похоронена в церкви Сан-Джорджо; впоследствии в Ассизи была построена базилика, посвящённая святой. В 1850 г. мощи Клары Ассизской были облачены в одеяния клариссы и помещены в новую, стеклянную раку. 18 октября 1253 г. папа Иннокентий IV буллой «Gloriosus Deus» поручил Бартоломео Аккоромбани, епископу Сполето (1236–1271 гг.), начать процесс канонизации Клары Ассизской. Формуляр буллы нехарактерен для документов такого рода: в преамбуле содержатся восхваления Клары Ассизской и прямо говорится о желаемом исходе процесса – прославлении Клары Ассизской как святой Римско-католической церкви, тогда как обычно папские документы, инициирующие канонизационный процесс, имеют нейтральный характер.