Наибольший резонанс вызвала статья 3, согласно которой обвинения против клириков должны были рассматриваться не только в церковной, но и в королевской курии (как полагают исследователи, итоговый вариант текста статьи, возможно, сознательно, был сформулирован не вполне ясно). Кроме того, в королевской курии предписывалось рассматривать все дела с участием архиепископов, епископов и непосредственных вассалов короля, а также тяжбы, касающиеся долговых операций. Согласно статье 9, в королевский суд должны были передаваться имущественные тяжбы между клириками и мирянами, если было невозможно точно установить юридический статус спорного имения. Статья 13 требовала от церковных судебных должностных лиц осуждения тех, кто ущемляли права короля. В свою очередь, король обязался наказывать магнатов, чьи действия причиняли урон церковной юрисдикции. Кроме того, церкви запрещалось удерживать у себя имущество лиц, подвергнутых конфискации в пользу короны (статья 14). Большое место в «Кларендонских постановлениях» отведено определению королевских привилегий в вопросах инвеституры и патроната над церквами – права назначения кандидатов на вакантные посты (статьи 1–2, 12). Статьи 5–7 и 10 ограничивали возможность отлучения от церкви и наложения интердикта, устанавливали механизмы защиты от обвинений в церковном суде. Определяя в статье 8 в качестве высшей апелляционной инстанции короля (без упоминания о папе Римском) и запрещая архиепископам, епископам и клирикам, имевшим бенефиции, покидать пределы королевства без разрешения монарха (статья 4), «Кларендонские постановления» фактически отменяли право апеллировать к Папскому престолу. Статья 16 ограничивала влияние церкви: запрещалось посвящать в духовный сан сыновей крестьян без согласия сеньора, на чьей земле они родились. В целом принятие «Кларендонских постановлений» означало усиление власти короля над церковью в Англии по сравнению с предшествующим периодом. Архиепископ Томас Бекет счёл даже частичное согласие с документом своей слабостью и в знак покаяния на время отлучил себя от совершения мессы. Конфликт между королём и архиепископом усилился. В октябре 1164 г. в Нортгемптоне на собрании светских и церковных магнатов против Кентерберийского архиепископа был выдвинут ряд обвинений, в том числе в финансовых нарушениях в бытность канцлером. Архиепископ отказался участвовать в суде и тайно бежал на континент. Он прибыл ко двору папы Римского Александра III, который в это время из-за конфликта с Фридрихом I Барбароссой жил в городе Санс (Бургундия). Архиепископ Томас Бекет вручил папе свой экземпляр «Кларендонских постановлений», представив их как документ, ущемляющий права католической церкви. Одновременно к папскому двору прибыли посланцы короля Генриха II, которые стремились получить от понтифика одобрение «Кларендонских постановлений». Александр III, который ещё до избрания на Папский престол получил известность как канонист, отказался выносить суждение по всему документу в целом, рассмотрев отдельные статьи. В итоге он признал, что все положения «Кларендонских постановлений» не служат благу католической церкви в Англии: десять статей (1, 3–5, 7–10, 12 и 15) прямо противоречат каноническому праву, остальные шесть папа назвал «терпимыми».