В июне 1638 г. Лукарис был обвинён в государственной измене, арестован и казнён, а Кирилл в третий раз стал патриархом. 24 сентября 1638 г. в Константинополе под председательством Кирилла II Контариса состоялся Собор, в котором приняли участие Иерусалимский  патриарх Феофан IV и Александрийский патриарх Митрофан (Критопулос). Собор предал анафеме Лукариса и его учение: Лукарис обвинялся в том, что «оклеветал всю Восточную Христову Церковь, будто бы она мыслит, как Кальвин». В начале 1639 г. Кирилл II Контарис обязал клириков и мирян приносить ему лично на проверку любые сочинения, подписанные именем Лукариса. Однако уже в послании к кардиналу Антонио Барберини (младшему) от 18 апреля 1639 г. Кирилл II Контарис писал, что по совету кардинала опубликовал синодальное послание о предании огню творений Лукариса без специального расследования. Летом 1638 г. представители католических государств и Папского престола получили от Кирилла II Контариса устные уверения в готовности подписать католическое исповедание веры. Одним из первых распоряжений Кирилл II Контарис удовлетворил прошение французских посланников о позволении отправлять службу по католическому обряду в церкви св. Феодора в Саталии (Атталии, ныне Анталья). Переговоры продолжались всю осень, а 15 декабря 1638 г. в присутствии Й.Р. Шмида фон Шварценхорна и патриаршего викария Анджело Петрикки Кирилл II Контарис подписал католическое исповедание веры и подтвердил свою верность папе Римскому Урбану VIII. Это вызвало негодование как иерархов Константинопольской церкви, так и султана. В июне 1639 г. Кирилл II Контарис был низложен (при этом формальные обвинения, выдвинутые против него, были связаны с финансовыми злоупотреблениями), арестован и сослан в Тунис. 30 марта 1640 г. он прибыл в город Сус и отправил оттуда послание кардиналу Барберини с просьбой дать ему денег на подкуп османского чиновника, отвечавшего за его охрану. Впоследствии Кирилл II Контарис продолжал писать и Барберини, и лично Урбану VIII (послания от 15 апреля 1640 г.), однако те не оказали ему поддержки. 24 июня 1640 г. Кирилл II Контарис был задушен по приказу османского паши, вынуждавшего его принять ислам.