Одни только учтённые растраты Кирилла II Византийского оценивались в колоссальную сумму – 58 383 австрийских дуката (по другим подсчётам, 62 683 австрийских дуката), что составляло на то время приблизительно 180 тыс. руб. серебром; к этому исследователи прибавляют многочисленные ценные вещи, предметы церковного обихода и документы, взятые им из ризниц монастыря великомученицы Екатерины и Каирского подворья. В 1866 г. синаиты низложили архиепископа (6 июля – братия монастыря великомученицы Екатерины, 17 июля – насельники Джуванийского подворья), что было подтверждено соборными определениями синайского братства от 10 и 24 августа и насельников Джувании от 3 октября. Однако за Кирилла II Византийского вступился Константинопольский патриарх Григорий VI Фуртуниадис, и синаиты были вынуждены прибегнуть к суду Иерусалимского патриарха, который подтвердил низложение архиепископа (23–24 августа 1867 г.). Но Кирилл II Византийский заявил о своей неподсудности Иерусалимскому патриарху и апеллировал к Константинопольскому патриарху и Высокой Порте. В связи с неясностью статуса Кирилла II Византийского и нового архиепископа Каллистрата русский посланник в Константинополе граф Николай Павлович Игнатьев распорядился не передавать ни тому, ни другому поступавшие из России через генеральное консульство в Египте деньги для монастыря. Эти средства были задержаны в консульстве с января 1867 г. по август 1868 г. Григорий VI и покровительствовавшие Кириллу II Византийскому сановники склонялись к тому, чтобы «синайское дело» было пересмотрено, и только направленное по просьбе Кирилла II Иерусалимского ходатайство Антиохийского и Александрийского патриархов к Фуад-паше о правомерности действий Иерусалимских патриарха и Синода заставило Высокую Порту признать низложение Кирилла II Византийского. Константинопольская патриархия была вынуждена смириться с таким исходом «синайского дела», но не признала справедливости решения суда над Кириллом II Византийским в Иерусалиме, а приняла его только «ради церковного мира». Во время длительной тяжбы Синайской обители с Кириллом II Византийским за монастырские имения в Бессарабии, которые приносили наибольший доход, Россия наложила секвестр на эти владения (с конца 1867(?) г. по июнь 1870 г.), и доходы с них не выдавались ни одной из сторон. Секвестр был снят после заключения соглашения между Кириллом II Византийским и синаитами. Однако оно не привело к урегулированию конфликта, т.к. враждующие стороны не смогли прийти к полному согласию. В июне 1870 г. синайская братия обратилась за помощью к графу Н.П. Игнатьеву. При его посредничестве в течение нескольких месяцев вырабатывались условия окончательного соглашения с Кириллом II Византийским, которое было заключено в российском посольстве в Константинополе 18 марта 1871 г. В соответствии с этим соглашением монастырь великомученицы Екатерины выплачивал Кириллу II Византийскому крупное единовременное пособие, а тот возвращал братии права на бессарабские имения и взятые им из монастыря в 1859–1866 гг. ценные вещи (в прилагавшихся списках значилось несколько десятков предметов: церковная утварь, облачения, драгоценности, документы). Последние годы Кирилл II Византийский прожил в столице Османской империи и её окрестностях; скончался в Ватириаке (Бююкдере) на Босфоре.