Исследователи полагают, что к монастырю Метанойя относятся упоминания в хронике епископа Иоанна Никиуского об обители тавеннисиотов в Александрии, в частности, сообщение, что в 641 г. Александрийский патриарх Кир перенёс оттуда крест в большую базилику в Кесарионе (однако вопрос о количестве пахомианских обителей в Александрии ввиду неясных сведений источников остаётся открытым). Каноп неоднократно упоминается в источниках эпохи христологических споров (середина V – первая половина VII вв.): в монастыре Метанойя скрывался от преследований архиепископа Диоскора (444–451 гг.) александрийский пресвитер Афанасий, из его среды был избран на Александрийский престол (460 г.) и здесь же укрывался в период смещения с кафедры (конец 475 – 477 гг.) православный патриарх Тимофей III Салофакиол, в 482/483 г. в знак неприятия «Энотикона» императора Зинона из Александрии в Каноп переселилась группа халкидонитов во главе с пресвитером Киром. В середине VI в. в Канопе отбывал ссылку епископ Виктор Туннунский, лишённый кафедры за отказ принять эдикт императора Юстиниана «О трёх главах». В начале IV в. в Канопе пострадали мученица Афанасия с тремя дочерьми и мученики-бессребреники Кир и Иоанн. Мощи святых Кира и Иоанна первоначально были положены в соборе апостола Марка в Александрии, однако впоследствии Кирилл Александрийский (412–444 гг.) перенёс их (память 28 июня) в близлежащее к Канопу селение Минуф, в построенную здесь его предшественником архиепископом Феофилом церковь св. Евангелистов, чтобы искоренить местный культ богини Исиды. Несмотря на это, в V в. язычество ещё прочно держалось в Минуфе; между 485 и 487 гг. по инициативе монофизитского Александрийского патриарха Петра III Монга и при участии насельников монастыря Метанойя было разрушено тайное языческое капище, где хранились идолы, спрятанные здесь после разрушения храма Исиды. Однако почитание мучеников Кира и Иоанна получило широкое распространение, и церковь св. Евангелистов была переименована в их честь. В начале VII в. монах Софроний (впоследствии Иерусалимский патриарх Софроний I) получил у гробницы мучеников исцеление от болезни глаз; он составил описание чудес, совершённых от этих мощей, из которого видно, что Минуф был известным центром паломничества. После арабского завоевания Египта (640 гг.) Минуф пришёл в запустение (точное время исследователям неизвестно). Мощи мучеников Кира и Иоанна были перенесены в Рим, однако их почитание сохранялось в регионе. Об этом свидетельствует название селения Абу-Кир (арабский вариант имени мученика Кира), расположенного близ древнего Минуфа и известного с XIV в. Около VIII в., как полагают исследователи, в результате землетрясения, Каноп ушёл под воду. Остатки города частично сохранились на побережье и были раскопаны археологами. C 1990 гг. французские подводные археологи во главе с Франком Годьо активно исследуют затонувшую часть Канопа в заливе Абу-Кир.