В связи с притеснениями со стороны властей, передавших православные храмы обновленцам, Киприан благословил священников, сохранивших верность патриаршей церкви, нелегально совершать литургии на частных квартирах. Летом 1926 г. написал работу «Обновленчество», в которой объяснил особенности обновленческого раскола. Эта работа по указанию Киприана была распространена среди владивостокского духовенства. В марте 1927 г. Киприан был арестован. В сентябре того же года решением особого совещания при Коллегии ОГПУ направлен для проживания под надзором властей в Иркутск. 15 сентября назначен архиепископом Нижнеудинским, временно управляющим Иркутской епархией. Ещё до приезда в Иркутск Киприан столкнулся с сопротивлением местной группы духовенства, возглавляемой протоиереем Николаем Пономарёвым. Участники организованного Николаем Пономарёвым собрания в Николо-Иннокентиевском храме Иркутска высказались за назначение управляющим епархией Забайкальского епископа Евсевия (Рождественского; впоследствии архиепископ). Николай Пономарёв известил Киприана, находившегося тогда во Владивостоке, об избрании епископом Евсевия «общим собранием верующих» и предложил воздержаться от приезда в Иркутск. Однако в ноябре 1927 г. Киприан вступил в управление епархией. После того как Николай Пономарёв и его сторонники, даже получив разъяснения от Временного Священного Синода, отказались признать Киприана своим законным архиереем, 1 марта 1928 г. архиепископ был вынужден объявить о разрыве канонических и административных отношений с Николо-Иннокентиевским приходом (до 1929 г.). Во многом благодаря проповедям, в которых Киприан объяснял верующим ситуацию, обусловившую появление «Декларации» 1927 г., изданной заместителем патриаршего местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским; с 1943 г. – патриарх Московский и всея Руси), в Иркутске удалось избежать церковного разделения. Киприан уделял много внимания поддержанию дисциплины среди духовенства. Активно занимался организацией помощи ссыльным священникам и их семьям. Для организации противодействия обновленцам Киприан дал указания размножить и распространить среди иркутского духовенства свою работу «Обновленчество». Выпустил ряд посланий с разъяснениями для духовенства: об обновлении св. икон, о богослужебной уставности, о церковном чтении. В начале 1928 г. Киприан закончил начатую ещё во Владивостоке статью «Церковь и государство». Рукопись была послана в Москву митрополиту Сергию, который дал на неё положительный отзыв, однако посоветовал не распространять работу «из-за могущего быть превратного толкования» со стороны властей. В декабре 1928 г. в Иркутске были арестованы несколько священников, членов временного епархиального церковного совета. При обысках у них были изъяты тексты посланий и статей Киприана. Архиепископ был вызван в ГПУ и предупреждён о привлечении к ответственности за нелегальное распространение «антисоветской литературы».