В январе 1944 г. Осьминский район освободили советские войска. В апреле 1944 г. офицер госбезопасности дал понять А.А. Кибардину, что на основании собранных данных он «ничего плохого не сделал и может продолжать служить, никто... никакой неприятности не причинит». В это же время А.А. Кибардин подал прошение о принятии в состав клира Ленинградской епархии, но временно управлявший епархией архиепископ Григорий (Чуков; впоследствии митрополит) потребовал повторно принести покаяние. 19 августа 1944 г. в ленинградском Спасо-Преображенском соборе А.А. Кибардин принёс покаяние и был воссоединён с Московской патриархией в сане протоиерея. 21 августа того же года резолюцией архиепископа Григория (Чукова) А.А. Кибардин был утверждён настоятелем Покровской церкви, служил в Козьей Горе. 3 августа 1945 г. назначен настоятелем церкви Казанской иконы Божьей Матери в посёлке Вырица. Здесь А.А. Кибардин сблизился с иеросхимонахом Серафимом Вырицким (Муравьёвым). С осени 1945 г. и до кончины старца (3 апреля 1949 г.) А.А. Кибардин был его духовником; пастыри взаимно окормляли друг друга и вели долгие духовные беседы. А.А. Кибардин причастил преподобного Серафима перед его кончиной Святых Таин, служил первую панихиду и проводил старца в последний путь. Старец Серафим и митрополит Григорий (Чуков) считали, что самое лучшее решение для А.А. Кибардина – принять монашеский постриг с возможностью стать архиереем. Исследователи полагают, что благодаря ходатайству митрополита Григория в 1948 г. с А.А. Кибардина была снята судимость. Однако его активная деятельность и растущее влияние на верующих вызывали недовольство властей. 21 января 1950 г. А.А. Кибардин был арестован по обвинению в антисоветской агитации, т.к. «призывал в церковных проповедях верующих молиться за заключённых и арестованных лиц», а также в «пособничестве немецко-фашистским оккупантам». А.А. Кибардин категорически отрицал все обвинения в сотрудничестве с немецкой секретной службой безопасности и военной разведкой. 17 апреля 1950 г. приговорён на закрытом судебном заседании военного трибунала войск МВД Ленинградского округа к 25 годам исправительно-трудовых лагерей с конфискацией имущества и поражением в правах на пять лет. А.А. Кибардин отбывал срок в Ангарском исправительно-трудовом лагере в Иркутской области, где строилась трасса Тайшет-Братск. 22 мая 1955 г. освобождён со снятием судимости. 15 августа 1955 г. назначен приписным священником в Вырицу, служил в Казанской церкви, исполняя обязанности второго священника. В январе 1956 г. А.А. Кибардина навестил в Вырице его духовный сын Смоленский епископ Михаил (Чуб). Он благословил А.А. Кибардина на принятие монашества. 11 марта 1956 г. А.А. Кибардин написал прошение на имя патриарха Алексия I, однако тот передал дело на усмотрение Ленинградского митрополита Елевферия (Воронцова), который 13 апреля 1956 г. предложил А.А. Кибардину принять постриг в Псково-Печерском в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре. 7 августа 1957 г. по состоянию здоровья, подорванного в лагере, А.А. Кибардин вышел за штат. Жил в Вырице, получал пенсию. Последние годы посвятил усиленной молитве и покаянию. В начале 1960 гг. его навещали в Вырице схиигумен Савва (Савченко) из Псково-Печерского монастыря и схимонахиня Мария (Маковкина). Похоронен на вырицком кладбище; могила А.А. Кибардина почитается верующими и часто посещается.