Источники не сообщают, имела ли эта смерть последствия для Квириния как наставника и советника Гая. В то же время исследователям известно, что, вернувшись в Рим, он повторно женился, на этот раз на знатной патрицианке Эмилии Лепиде, имеющей среди предков Луция Суллу и Гнея Помпея и ранее предназначавшейся в жёны второму приёмному сыну Октавиана Августа, Луцию Цезарю, который умер в 18-летнем возрасте 20 августа 2 г. н.э. Этот и ряд последующих эпизодов биографии Квириния исследователи объясняют возможным покровительством матери Тиверия Ливии, а затем и самого Тиверия, ставшего после смерти Гая и Луция единственным претендентом на престол. В 6 г. н.э. Октавиан Август вызвал в Рим, а затем отправил в ссылку этнарха Иудеи Архелая. Подвластные ему территории должны были быть присоединены к провинции Сирия. Исследователи полагают, что тогда же в Сирию был направлен Квириний в качестве наместника. В его задачи, по мнению исследователей, входила организация переписи в провинции и на присоединённых территориях, а также опись и продажа конфискованного у Архелая имущества. Кроме того, Квиринию предстояло обеспечить присоединение новых территорий к Сирии и введение на них римской администрации. Поэтому вместе с ним в Иудею прибыл назначенный туда префектом Копоний, который руководил переписью на месте. По словам Иосифа Флавия, Копоний происходил из всаднического сословия. По мнению исследователей, и в других частях провинции непосредственное руководство связанными с переписью мероприятиями осуществляли чиновники, подобранные из числа подчинённых Квиринию офицеров. Так, сохранилась надгробная надпись, посвящённая всаднику Квинту Эмилию Секунду, префекту первой преторианской (Augusta I) и второй вспомогательной (Classica II) когорт, который провёл по приказу Квириния перепись в Апамее. Согласно описанию Иосифа Флавия, известие о проведении переписи первоначально вызвало большое недовольство среди иудеев, потребовалось вмешательство первосвященника Иоазара. Ему удалось успокоить народ и уговорить его не препятствовать властям. Но в то же время радикальные противники проводимых римлянами преобразований, возглавляемые Иудой Галилеянином и фарисеем Саддуком, сумели не только приобрести множество сторонников и спровоцировать беспорядки и противостояние в обществе, но и основать движение зилотов. Иосиф Флавий описывает его наряду с сектами фарисеев, саддукеев и ессеев (эти события Иосиф Флавий датирует 37 г. после битвы при Акции (31 г. до н.э.), т.е. 6 г. н.э. Должность наместника Сирии стала последней в государственной карьере Квириния. Как долго он её занимал, исследователи точно не знают, но в 13 г. н.э. на этом месте был уже Метелл Кретик Силан. О дальнейшей жизни Квириния исследователям известно только то, что его второй брак был неудачным, по-видимому, с самого начала, так что и по прошествии 20 лет после женитьбы, уже будучи разведён с Лепидой, Квириний обвинял её перед сенатом в супружеской измене, в попытке отравить его и во враждебных замыслах против семьи Цезаря. По личному распоряжению Тиверия Квириний был торжественно похоронен за государственный счёт.