В период с 1672 до 1699 гг. Каменец-Подольский был столицей Каменецкого эйялета (провинции Османской империи). Все православные храмы города были обращены в мечети. Свято-Троицкая церковь также стала мечетью и центром мусульманского прихода, учреждённого вторым визирем Мусахибом Мустафой. Преобразование храма в мечеть сопровождалось перестройкой: в 1672–1673 гг. верхний ярус оборонной башни-колокольни (по мнению исследователей, повреждённый во время осады города турками) был разобран и вместо него устроен небольшой минарет в виде каменного столба высотой около 10 м. В период турецкого владычества православные клирики Каменец-Подольского монастыря выехали из Каменца. Под 1675 г. впервые упоминается кафедральный наместник Игнатий Олешкевич и «духовный Св. Троицы» Стефан Краковецкий, однако последний был представителем уже белого духовенства (в то время как Игнатий Олешкевич, по нению исследователей, относился к монашествующим). Указанные клирики на тот момент временно проживали в эвакуации во Львове. Весь архив Каменец-Подольского монастыря был уничтожен, поэтому ранняя история обители мало изучена. Как отмечается в судебном акте от 12 января 1749 г., Каменец-Подольский монастырь существовал до 1672 г., т.е. до взятия Каменца турками. После возвращения города в ведение Польши и заключения польским королём 26 января 1699 г. Карловицкого мира с Османской империей Сейм 1699 г. запретил селиться в Каменце православным и евреям. Должности в городских учреждениях имели право занимать только мещане-униаты. Сразу же после освобождения Каменца от турок указом православного епископа Львовско-Галицкого и Каменецкого Иосифа (Шумлянского), тайно перешедшего в унию, принимавшие город комиссары опечатали все православные храмы, оставив только Иоанно-Предтеченскую церковь двум монахам-униатам, которые прибыли в Каменец по распоряжению униатского епископа Иннокентия Винницкого. С тех пор Троицкий и другие каменецкие храмы пребывали в ведении Львовских униатских епископов и управлялись официалами, а позже – василианами каменецкого Троицкого монастыря. С 1700 г. все каменецкие церкви стали униатскими. Не позднее декабря 1700 г. кафедральный наместник Каменец-Подольский священник Стефан Краковецкий вместе с Каменец-Подольским Троицким братством перешёл в унию. Таким образом, уже в 1699–1700 гг. монастырской общины при Каменец-Подольской кафедре не было. Троицкий храм оставался приходским, при нём существовало лишь православное Троицкое братство, впоследствии отпавшее в унию. Троицкая церковь принадлежала белому униатскому духовенству до 1722–1724 гг., когда управляющий Львовской униатской епархией епископ Афанасий Шептицкий перевёл священника Стефана Краковецкого в городскую Петропавловскую церковь, а при кафедральном Троицком соборе основал монастырь василиан под руководством монахм Машкевича. Образование униатского монастыря вызвало конфликт между василианами и православным Троицким братством, под патронатом которого находилась Воскресенская церковь, в то время разрушенная. Братчики приготовили брёвна для постройки нового храма. Василиане собирались забрать и эту церковь вместе с землёй. Суд признал право на Воскресенскую церковь за василианами, и в 1730 г. они построили деревянный храм, описанный в 1758 г.: «Структуры приличной, вроде костёла, с одним куполом посередине и с бабинцем, пристроенным в 1751».