Как глава Совета по делам РПЦ, Г.Г. Карпов рассматривал вопросы об открытии храмов и молельных домов, учебной и издательской деятельности Русской церкви, решал финансовые и юридические проблемы церковных организаций и духовенства; проводил рабочие совещания с уполномоченными Совета, часто выезжал в регионы для проверки их работы. Во время служебных командировок принимал решения по ходатайствам верующих; встречался с епархиальными архиереями, со священнослужителями и с представителями местных властей, разъяснял принципы новой церковной политики. С 1945 г. под особым контролем Г.Г. Карпова находилась международная деятельность Русской церкви. Он занимался организацией визитов делегаций Московского патриархата в зарубежные страны, обсуждал с патриархом Алексием I приоритеты внешнеполитических мероприятий церкви, конкретные задачи, которые необходимо было решить во время визитов, согласовывал состав делегаций, кандидатуры их руководителей. В 1945–1946 гг. Г.Г. Карпов внёс значительный вклад в урегулирование взаимоотношений между СССР и новыми правительствами стран Восточной Европы, с одной стороны, и Болгарской, Румынской и Сербской православными церквами – с другой. Деятельность Г.Г. Карпова в это время получила высокую оценку советского руководства. В феврале 1945 г. он был награждён орденом Ленина, в июле того же года ему было присвоено звание генерал-майора НКГБ. Кроме того, Г.Г. Карпов был награждён орденами Красной Звезды (1937 г.), «Знак Почёта» (1943 г.), Красного Знамени (1944 г.), Трудового Красного Знамени (1946 г.). С 1946 г. в СССР происходит ужесточение политики властей, в том числе в религиозной сфере. Ослабевает влияние партийных руководителей, выступавших за более гибкую политику, в частности В.М. Молотова, курировавшего работу Г.Г. Карпова в правительстве. В июле 1947 г. по ходатайству министра госбезопасности Виктора Семёновича Абакумова Г.Г. Карпов был освобождён от должности начальника отдела «О» и зачислен в запас МГБ СССР «по состоянию здоровья». Деятельность Совета по делам РПЦ стала объектом критики со стороны влиятельных сил в партийном руководстве. В конце 1948 – начале 1949 гг. в Отделе пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) был подготовлен проект постановления «О неправильной работе Совета по делам РПЦ при Совете Министров СССР», в котором на Совет возлагалась ответственность за «оживление деятельности церковников и религиозной идеологии»; было предложено вынести Г.Г. Карпову выговор «за грубое нарушение директив» и «превышение предоставленных прав». В этих условиях Г.Г. Карпов неоднократно обращался с письмами к И.В. Сталину, а 24 февраля 1949 г. добился личной встречи с главой партии и другими членами Политбюро. И.В. Сталин не поддержал начало новой антирелигиозной кампании и выступил против внесения проекта постановления о Совете по делам РПЦ на утверждение Политбюро. Однако не были поддержаны и предложения Г.Г. Карпова по реформированию работы Совета, в результате чего контроль за его деятельностью был передан Отделу пропаганды и агитации ЦК. Изменение фактического статуса Совета по делам РПЦ отразилось на государственно-церковных отношениях.