Подробно обсуждая в полемике с М. Лютером таинство евхаристии, А.Р. Карлштадт использовал множество различных формулировок при изложении собственной богословской позиции, однако её смысловое ядро оставалось неизменным и сводилось к последовательному отрицанию реального присутствия в евхаристии материальных Тела и Крови Иисуса Христа. Евхаристия, по мнению А.Р. Карлштадта, есть «воспоминание» («gedächtnis») крестной смерти Спасителя, «внутреннее вкушение» («ein inwendiger schmack») Страстей Христовых и приобщение к ним, а не внешнее вкушение Его Тела и Крови. Подобно М. Лютеру и другим протестантам, А.Р. Карлштадт полностью отвергал предлагавшееся католическими богословами понимание евхаристии как жертвы, приносимой священником для умилостивления Бога, которая повторяет или репрезентирует голгофскую Жертву. Он учил об исключительно «духовном приобщении» к Телу Христову: «Мы должны вкушать плоть Господа духовно (geistlich)». Таким образом, А.Р. Карлштадт отрицал как учение о пресуществлении, отстаиваемое католическими богословами, так и лютеровскую концепцию «соприсутствия» или «вездеприсутствия» Тела Христова, Которое реально принимается верующими в евхаристии. Не признавая материального присутствия Христа в евхаристии, Его духовное присутствие А.Р. Карлштадт допускал с оговорками. По его убеждению, никакого объективного значения евхаристия не имеет, т.е. Сам Христос как Личность в ней не присутствует. Поскольку она есть воспоминание, человек приобщается в ней ко Христу лишь настолько, насколько сам субъективно содержит его в собственном разуме и сердце через веру в Него, поэтому «присутствие» Христа в евхаристии ничем не отличается от Его постоянного присутствия в душе верующего. Толкуя евхаристические места Нового Завета, А.Р. Карлштадт всякий раз сводил их к духовному приобщению ко Христу, опираясь при этом в качестве своего рода «герменевтического ключа» на Ин. 6:63, 1 Кор. 10:3–4 и Евр. 9:9–10. Эти места в Новом Завете, по убеждению А.Р. Карлштадта, свидетельствуют о необходимости понимать причащение исключительно духовно. Так, согласно А.Р. Карлштадту, слова Христа в Ин. 6:32–59 относятся не к материальному, а к духовному вкушению Его Тела: вкушать плоть Христову означает познавать Христа и любить Его. А.Р. Карлштадт предлагал собственное толкование установительных слов Христа на Тайной вечере (см.: Мф. 26:26–28; Мк. 14:22–24; Лк. 22:14–20), с которым не соглашались даже близкие к А.Р. Карлштадту в учении о евхаристии У. Цвингли, И. Эколампадий и М. Буцер. По мнению А.Р. Карлштадта, говоря «сие есть Тело Моё» и «сия есть Кровь Моя», Христос указывал не на Хлеб и Вино, а на Себя; таким образом, преподавая ученикам Хлеб и Чашу, Христос не «превращал» их в Свои Тело и Кровь, но устанавливал как постоянные знаки для воспоминания верующими искупления, единожды совершённого Его Телом и Его Кровью на Кресте. Объясняя 1 Кор. 10:16, А.Р. Карлштадт утверждал, что «чашу благословения» и «преломляемый хлеб» апостол Павел именовал Телом и Кровью лишь символически, и главный акцент делал на духовном общении между собой всех тех, кто совершают воспоминание смерти Христовой. «Виновность против Тела и Крови Господней» в 1 Кор. 11:27–29 А.Р. Карлштадт интерпретировал не как недостойное принятие телесно присутствующего в евхаристии Христа, но как указание на недопустимость участия человека в евхаристии без веры в совершённое Христом искупление.