Поскольку те университеты, которые по первоначальному замыслу должны были вынести суждение о результатах диспута, отказались давать какую-либо оценку, после завершения диспута каждая из сторон заявляла о своей победе. Наиболее взвешенной, по мнению исследователей, выглядит согласующаяся со стенограммой диспута оценка нейтрального по своим религиозным убеждениям П. Мозеллана, который отмечал, что, хотя в глазах широкой публики И. Экк внешне одержал верх над А.Р. Карлштадтом, в действительности А.Р. Карлштадт заслужил симпатии учёных людей стремлением к точности в терминологии и к всесторонней обоснованности любого суждения; «лишь у неучей его поведение вызвало страх и скуку». В протестантском лагере многие, восторгаясь смелым поведением на диспуте М. Лютера, считали, что в сравнении с ним А.Р. Карлштадт выступал неудачно и запутался в «софистике» И. Экка; сходного мнения придерживался сразу после диспута и сам М. Лютер. Впоследствии в 1538 г., т.е. после окончательной ссоры с А.Р. Карлштадтом, М. Лютер отзывался о его роли в диспуте намного более критично: он упрекал его в непомерной гордости, называл «несчастнейшим спорщиком» («infelicissimus disputator») и утверждал, что он «покрыл себя позором» («er legt schannde fur ehr ein»). Хотя А.Р. Карлштадт не признавал себя богословски побеждённым и, напротив, считал, что ему удалось выявить «пелагианскую» природу схоластического богословия И. Экка, он тяжело переживал то, что внешне диспут выставил его в невыгодном свете и продемонстрировал его неспособность соревноваться с И. Экком в воздействии на публику и в приобретении её симпатий. После диспута И. Экк и А.Р. Карлштадт выпустили ещё несколько адресованных друг другу полемических трактатов, в которых повторялись уже не раз озвученные ими богословские аргументы, а споры о схоластических терминах соседствовали с крайне грубыми личными нападками. Во многом под влиянием споров с И. Экком после возвращения в Виттенберг А.Р. Карлштадт продолжил усиленно изучать Священное Писание. Лейпцигский диспут стал для него окончательным доказательством того, что для опровержения католических «заблуждений» отцы церкви малопригодны, поскольку на любые цитаты из них католические богословы могут подобрать противоположные по смыслу цитаты, уведя тем самым дискуссию в дурную бесконечность. Напротив, Священное Писание он рассматривал как ясное и неопровержимое свидетельство об истине, опираясь на которое можно «очистить» церковь от всех «заблуждений». Результатом работы А.Р. Карлштадта с текстами Священного Писания стал опубликованный им в 1520 г. трактат «О канонических Писаниях» («De canonicis Scripturis»). Структурно это сочинение А.Р. Карлштадта исследователи разделяют на две части. В первой части А.Р. Карлштадт излагал общее учение о Священном Писании, его «величии» и непререкаемом авторитете для любого христианина, будь то «мирянин или священник, царь или император, епископ или патриарх, или даже сам верховный понтифик». Таким образом, Священное Писание, согласно А.Р. Карлштадту, есть высший источник истины и единственный её критерий. Исходя из этого положения, А.Р. Карлштадт в трактате впервые открыто оспаривал учение о папской непогрешимости: «Папство не делает из человека ни ангела, ни бессмертного Бога и не возвышает его над обычным человеческим состоянием».