Западная грань совпадала с линией атриума IV в. С южной стороны всего комплекса появились пристройки из нескольких комнат. Центральный октагон был украшен цветной напольной мозаикой, которая теперь демонстрируется отдельно от здания. Центральный мотив её декора – изящно выполненная и редкая для Палестины фигура павлина с роскошным хвостом концентрической формы. Она органично подчёркивает октогональный план храма. Павлин находится в окружении геометрических и флоральных мотивов, но это было характерно для мозаик антиохийского круга. Октогональный храм просуществовал до VII в. Анонимный паломник из Пьяченцы, посетивший Капернаум около 570 г., оставил воспоминания об этом храме, назвав его базиликой. Свидетельства более поздних паломников не подтверждают существование церкви апостола Петра; они упоминают «дом св. Иоанна Богослова» или «дом и великую стену…, в которых жил Заведей и его сыновья Иоанн и Иаков». По мнению исследователей, позднее в Капернауме была построена базилика (ей могли принадлежать золотые тессеры, найденные на участке построек рядом с греческой церковью), и именно её, как считает Уильям Тейлор, показывали паломникам. Однако исследователи не исключают и того, что сведения о посвящении октогонального храма в течение веков были забыты. Территория с синагогой и домом Петра в настоящее время находится в ведении Францисканской библейской школы (Studium Biblicum Franciscanum). Синагога отреставрирована и музеифицирована, а над домом Петра в 1980 гг. была построена новая католическая церковь апостола Петра (железобетонное сооружение в виде октагонального навеса на мощных опорах, не затрагивающих древний фундамент; освящена в 1990 г.). Навес защищает византийский храм от влияния окружающей среды и даёт возможность осмотра его сверху, со второго яруса (полы сделаны из прозрачного пластика). Мозаики демонтированы и демонстрируются рядом с октагоном. Археологические раскопки на участке Иерусалимского патриархата проводились в 1978–1982 гг. по инициативе Израильского департамента древностей и музеев (под руководством В. Дзафериса). Было исследовано четыре участка общей площадью 2 га. На северо-западе, недалеко от озера, была раскопана массивная структура, состоящая из двух бассейнов, между ними возвышалась оштукатуренная платформа. Судя по всему, бассейны использовались для хранения свежей рыбы, которую затем выкладывали на платформу между бассейнами для продажи. Вода из бассейнов стекала в озеро по глиняным трубам. С юго-восточной стороны от бассейнов раскрыто большое квадратное здание (13х13 м), в котором исследователи выделяют стратиграфических слоёв VII–X вв. Планировка здания и его архитектура дают исследователям основание предположить, что сначала оно было общественным, затем стало частным; эти выводы подтверждают и находки археологов. В юго-западной части территории, недалеко от озера, раскопано здание, первоначально представлявшее собой единое большое помещение (12,7х12,5 м) с оштукатуренными стенами и полом. Его постройку исследователи датируют VII в. В дальнейшем его внутреннее пространство было перегорожено колоннами и пилястрами, а сверху, как полагают исследователи, был надстроен ещё один этаж.