Начало XIX в. ознаменовалось два важными изменениями в религиозной жизни губернии. В 1800 г. в Калуге появились единоверческие приходы (см. Единоверие). Снисходительное отношение к старообрядцам императора Александра I позволило им построить множество часовен и переделать под церковь кладбищенскую часовню в Боровске (1817 г.). Укрепились старообрядческие общины в Сухиничах и Полотняном Заводе. Недостатка в беглых священниках не было – только за время правления императора Александра I к «старой вере» присоединились 52 калужских клирика. В лесах Жиздринского уезда жили монахи-старообрядцы. Несмотря на жалобы благочинного, в Боровске старообрядческие богослужения проводились открыто, что объяснялось зависимостью властей от местного купечества, почти полностью старообрядческого. В правление императора Николая I преследование старообрядцев усилилось, некоторое время они были вынуждены ездить для молитвы в Тулу. Появление Белокринцкой иерархии коренным образом изменило жизнь старообрядчества. Первой общиной в Калужской губернии, где появились священники этой иерархии, стала община в деревне Таракановке Медынского уезда. Некоторые старообрядцы ставили под сомнение истинность «австрийского» священства, однако вскоре Белокриницкая иерархия широко распространилась в Калужской губернии, чему способствовала близость Москвы, где находился епископ Антоний (Шутов), активно рукополагавший священников «старой веры». В 1880 г. была создана Калужская епархия Белокриницкой иерархии, первым кафедру возглавил Феодосий (Баженов; 1880–1885 гг.) с титулом «епископ Боровский и Калужский», его преемник епископ Иона (Александров; 1898–1912 гг.) уже титуловался как «епископ Калужский и Смоленский». Последним старообрядческим епископом Калужским и Смоленским был Сава (Ананьев; 1922–1945 гг.). В Боровске и деревне Дворец (ныне село Дворцы Дзержинского района) жили также приверженцы лужсковского согласия. В начале ХХ в. в Боровске старообрядцами были городской голова, члены городской управы, владельцы школ, банков, богаделен, торговых и промышленных заведений. Из жителей города 70% были старообрядцами. После издания в 1905 г. манифеста «Об укреплении начал веротерпимости» в Боровске был построен Покровский кафедральный собор. Старообрядческий Калужский епископ являлся «окружником» (см. «Окружное послание»), при этом в Боровске находился епископ-«неокружник» Тарасий. В 1907–1911 гг. в селе Поречье Малоярославецкого уезда на средства братьев-фабрикантов Василия, Федора, Кирилла и Викулы Сергеевых построен каменный храм во имя святителя Николая, освящённый старообрядческим Калужским и Смоленским епископом Ионой. В настоящее время старообрядческие общины есть в Калуге, Боровске, в Малоярославецком районе, в селе Волое и деревне Гавриловке Кировского района. В Боровске действует Покровский древлеправославный монастырь. Общины в Калуге и Боровске принадлежат к Русской православной старообрядческой церкви (Белокриницкой иерархии). Существуют также несколько групп беспоповцев в Кировском районе.