Казанский собор приобрёл значение мемориала русской славы. С нашествием Наполеона усилилось народное почитание иконы-заступницы. Перед ней молились император Александр I и полководец Михаил Илларионович Кутузов. Через гененерала Фабиана Вильгельмовича Остен-Сакена и М.И. Кутузова храму в 1813 г. был передан список чудотворной Ченстоховской иконы Божьей Матери  (находился на левом клиросе правого придела, в настоящее время в фондах музея истории религий). В соборе хранились трофеи Отечественной войны, в частности 103 знамени и штандарта, ключи от восьми крепостей и 17 городов, а также жезл маршала Луи Никола Даву и четыре знамени, взятые под Ленкоранью в войне с Персией. Они размещались на пилястрах между окнами и на пилонах (доски для ключей и кронштейны для знамён проектировал А.Н. Воронихин). Большинство трофеев после выставки в Москве в память 100-летия Отечественной войны в 1913 г. было передано в Исторический музей. 13 июня 1813 г. в Казанском соборе по воле императора Александра I был похоронен М.И. Кутузов. В 1814 г. могила была обнесена оградой, созданной по проекту А.Н. Воронихина, украшенной военными атрибутами и гербом полководца. Над мемориальной плитой были помещены Смоленская икона Божьей Матери, находившаяся у гроба М.И. Кутузова, и картина Фёдора Яковлевича Алексеева «Прославление Казанской иконы Божией Матери на Казанской площади после освобождения Москвы от польских интервентов в 1612 г.» («Чудо от Казанской иконы Божией Матери в Москве»; 1811 г.), сюжет которой перекликался с изгнанием из Москвы армии Наполеона. У могилы дважды в год, в день тезоименитства М.И. Кутузова (6 сентября) и в день его кончины (16 апреля), служили панихиды. В память о вступлении российских войск в столицу Франции и в честь прекращения «священной брани… во славу верховного Вождя, дающего и венчающего победы, Христа Спасителя» император Александр I прислал из Парижа серебряный евхаристический набор с чеканными изображениями «Благовещения», «Рождества Христова», «Поклонения волхвов» и «Несения Креста», изготовленный мастером Мартином Гильомо Бьенне. Набор, включающий потир, дискос, звездицу, две тарели, копие, лжицу и нож, был передан в собор в 1815 г. (с 1925 г. – в Государственном Эрмитаже). 15 июля император Александр I в соборе благодарил Бога за победу над «двудесятью языками». 6 декабря 1814 г. император с императрицей, фельдмаршал Михаил Богданович Барклай-де-Толли и казачий атаман граф Матвей Иванович Платов присутствовали в соборе по поводу «торжества всеобщего мира». Митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Амвросий (Подобедов) отслужил Божественную литургию и особый молебен, составленный находившимся в тот день в соборе архимандритом Филаретом (Дроздовым). Митрополит Амвросий назвал собор «священным памятником священной войны». Граф М.И. Платов прислал в собор около 813 кг серебра из русских храмов, конфискованного казаками у отступавших французов. Митрополит Амвросий назвал «счастьем» возможность устроить в соборе «священный памятник священной войны». Из серебра, первоначально предназначавшегося для изготовления статуй евангелистов, по предложению митрополита Амвросия впоследствии частично изготовили облицовку нового иконостаса.