В результате удалось склонить часть христиан к переселению. Организация переселения была поручена новому командующему русскими войсками в Крыму и на Кубани генерал-поручику Александру Васильевичу Суворову. 16 июля 1778 г. он принял составленное Игнатием «Постановление крымских христиан», в котором были сформулированы их условия («пункты митрополита Игнатия») по переселению: поселение отдельно от других народов, гражданская и духовная автономия, разрешение всеобщими свободными выборами определять свою администрацию, сохранение Готской и Кафской епархии и её подчинение Святейшему Синоду. С этими условиями согласилось и армянское духовенство. 17 июля того же года Игнатий просил предоставить ему монаршую грамоту, гарантирующую выполнение условий, поскольку из-за неопределённости будущего многие христиане отказывались от переселения. Выполнить такую просьбу сразу было невозможно, генерал-губернатор Малороссии граф Пётр Александрович Румянцев пообещал, «что православные христиане должны быть весьма обнадёжены, что найдут под скипетром спокойную жизнь, возможное благополучие и такие выгоды, каких себе предположить не могут». С начала августа духовенство ещё активнее взялось за агитационную работу среди христиан, благодаря чему переселение в середине августа стало наращивать темпы и 18 сентября было завершено. В этот день в Россию отправился Игнатий вместе с последней партией переселенцев. 24 октября он приехал в Александровскую крепость (ныне Запорожье), где прибывшие проходили регистрацию. Всего из Крыма было выведено свыше 30 тыс. христиан, в том числе около 8 тыс. детей. 14 марта 1779 г. указом Екатерины II Игнатий был принят в российское подданство, Готская и Кафская епархия перешла в юрисдикцию Святейшего Синода и была размещена на части территории Славянской и Херсонской епархии. Митрополит поселился в Самарском Пустынном во имя святителя Николая Чудотворца монастыре, занимался вопросами создания монастыря во имя великомученика Георгия Победоносца в окрестностях Павлограда. Ездил по местам проживания греков, которые временно были поселены вдоль рек Орель и Самара от Екатеринослава (ныне Днепр) почти до Харькова в крайне стеснённых условиях.