Вечером 9 марта 1923 г. Д.Ф. Игнатенко был вновь арестован в только что открытой церкви упразднённой Таврической духовной семинарии. Проходил по делу вместе с другими священниками Александро-Невского собора, а также с церковным старостой и его заместителем. Обвинялся в «антисоветской агитации» и выступлениях против обновленчества, в поминовении за богослужением осуждённого архиепископа Никодима. 15 мая постановлением НКВД Крымской АССР выслан в Екатеринославскую губернию. С 1 июня проживал в Мелитополе. Православная общественность Крыма обращалась с просьбами о возвращении Д.Ф. Игнатенко в его приход, что вызывало недовольство властей. На обращение в ГПУ с просьбой о возвращении Д.Ф. Игнатенко в Крым Мелитопольского епископа Сергия (Зверева) последовал ответ, что подобные ходатайства будут рассматриваться как «содействие контрреволюции со всеми вытекающими последствиями». 30 сентября Д.Ф. Игнатенко был арестован в Мелитополе и в конце 1923 г. административно выслан на два года в Среднюю Азию. После отбытия ссылки Д.Ф. Игнатенко вернулся в Симферополь, служил настоятелем кладбищенской Преображенской церкви. 1 мая 1926 г., в Страстную субботу, на проповеди призвал прихожан к христианскому милосердию и просил «ради Воскресшего Христа обратить внимание на братьев, томящихся в темнице». После этого в храме был проведён сбор пожертвований, а в последующие дни прихожане добились права устроить для заключённых городской тюрьмы праздничное угощение в честь Светлого Христова Воскресения. 11 мая Д.Ф. Игнатенко был арестован. Его обвиняли в нелояльном отношении к церковной политике властей, принадлежности к официально не зарегистрированной тогда патриаршей церкви, намерениях «нелегально управлять тихоновщиной во всекрымском масштабе». Был осуждён на три года ссылки и выслан в Марийскую автономную область. После отбытия срока ссылки Д.Ф. Игнатенко, которому было запрещено возвращение в Крым, поселился в Мелитополе. Через некоторое время стал настоятелем Алексиевской церкви посёлка Круча (близ Мелитополя). Власти через соглядатаев следили за служением Д.Ф. Игнатенко, который не переставал проповедовать слово Божье, как подсказывала ему пастырская совесть. Так, он говорил прихожанам, что «живой человек выше класса» и требует помощи и сострадания независимо от социального происхождения. Последние проповеди Д.Ф. Игнатенко звучали для властей прямым обличением: «Добродетель и благочестие попираются, а пороки и нечестие торжествуют, но суд Божий ждёт всех нечестивцев, если они преследуют благочестие». 5 июля 1935 г. Д.Ф. Игнатенко был арестован по обвинению в «антисоветской деятельности» и отправлен в мелитопольскую тюрьму. На следствии держался мужественно, не скрывал своих взглядов, во время последнего допроса сказал, что считает социализм несовместимым с религией. Пребывание в тюрьме подорвало силы Д.Ф. Игнатенко. 9 сентября его перевели в тюремную больницу, где он вскоре скончался. Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.