В первой четверти XVI в. в связи с упадком монастыря мощи Исаака Сирина были перенесены в Сполето, в церковь св. Ансана. После ряда перемещений с 2000 г. они находятся в крипте св. Исаака этой церкви. Рассказ Григория I Великого с небольшими изменениями вошёл в средневековый сполетский легендарий, почти полностью утраченный в XVII в. Антиквар Л. Якобили в начале XVII в. позаимствовал из него Житие Исаака Сирина и перевёл его на итальянский язык. К уже известным сведениям Л. Якобили добавил рассказ о явлении Исааку Сирину Пресвятой Девы Марии, повелевшей основать на горе Монтелуко монастырь в Её честь, что преподобный и исполнил при помощи девы Григории (упоминается также у Григория I Великого). Она сделала монастырю большие пожертвования, о которых, согласно Л. Якобили, было записано в табулярии сполетского аббатства св. Иулиана (св. Ансана; этому аббатству тогда, видимо, подчинялся монастырь на Монтелуко). Другими источниками, в которых упоминается основанный Исааком Сирином монастырь, являются привилегии Римских пап Урбана III (1185 г.) и Гонория III (1216 г.). В них различаются городской монастырь во имя Исаака Сирина, пустынь на горе Монтелуко и бенедиктинское аббатство св. Иулиана, которому принадлежали два первых дочерних монастыря. О возникновении городского монастыря и аббатства св. Иулиана известно мало. Болландист Д. Папеброх предположил, что, вероятно, в период нашествия лангобардов в конце VI – VII вв. монахи с Монтелуко перебрались в город, возможно, принеся с собой мощи своего наставника. Впоследствии этот городской монастырь получил посвящение во имя Исаака Сирина, в то время как пригородный монастырь оставался пустынью, освящённой во имя Пресвятой Девы Марии. Городской монастырь вскоре стал бенедиктинским, а приблизительно в XI в. его монахи решили вернуться на гору Монтелуко, где возникло аббатство св. Иулиана, сохранившее за собой право как на городской монастырь Исаака Сирина, так и на пустынь Пресвятой Девы Марии. В 1502 г. папа Римский Александр VI передал бенедиктинское аббатство регулярным каноникам, которые в XVI в. вернулись в город, где поселились возле церкви св. Ансана, вероятно, оставшейся от прежнего монастыря Исаака Сирина. В календарях греческих церквей память Исаака Сирина не указывается. Его память была внесена в славянские Четьи-Минеи Димитрия Ростовского вместе с пересказом главы о преподобном из «Диалогов» Григория I Великого. Под влиянием русской традиции с XX в. Исаак Сирин стал почитаться также в Сербской православной церкви. В «Охридском прологе» Николая (Велимировича), епископа Жичского, память Исаака Сирина с кратким переложением главы из «Диалогов» Григория I Великого указана под 12 апреля.