Церковь Востока стали называть несторианской, хотя исторической связи с Несторием она не имела. Главным учителем в ней считался Мопсуестийский епископ Феодор, которого именовали Блаженным Толкователем. Перевод сочинений Феодора на сирийский язык имел исключительное значение для Церкви Востока: вместе с библейскими толкованиями Феодора в сирийскую традицию вошли его христологические воззрения. Феодор Мопсуестийский говорил, в частности, о том, что Бог Слово «воспринял» человека Иисуса; безначальное Слово Божье «вселилось» в рождённого от Девы человека Иисуса; Слово жило во Христе, как в храме; Оно облеклось в человеческое естество, как в одежду; человек Иисус благодаря Своему искупительному подвигу и крестной смерти соединился со Словом и воспринял божественное достоинство. Феодор, по сути, говорил о Боге Слове и человеке Иисусе как о двух субъектах, чьё соединение в одном Лице воплощённого Сына Божия является не столько онтологическим, сущностным, сколько условным, существующим в нашем восприятии: поклоняясь Христу, мы объединяем два естества и исповедуем не «двух сынов», но одного Христа – Бога и Человека. Ответ на вопрос о том, был ли Исаак Сирин «несторианином», напрямую зависит от ответа на вопрос, насколько «несторианской» была в его время Церковь Востока. Большинство современных сирологов согласны в том, что эта церковь никогда не была несторианской в том смысле, в каком несторианство осудил третий Вселенский собор. Инкриминированное Несторию учение о «двух сынах» никогда не было официальной доктриной этой церкви. Настаивая на «единстве Лица» в Иисусе Христе, богословы Церкви Востока в своей полемике с «монофизитами» (к которым они причисляли Кирилла Александрийского) подчёркивали важность чёткого различения между двумя естествами во Христе – божественным и человеческим. Делая акцент на двух естествах, восточно-сирийские богословы говорили и о двух ипостасях в Иисусе Христе. Сирийский термин «ипостась» означал индивидуальное проявление общего естества и в этом смысле использовался для перевода греческого слова «ипостась». Вопрос о так называемом несторианстве Исаака Сирина стал предметом обсуждения в среде русских патрологов XX в. Первым, кто открыто поставил этот вопрос, был протоиерей Георгий Флоровский, указывавший на то, что, хотя жизнь Исаака Сирина проходила «всё время в несторианской среде», его уход из Ниневии мог произойти «из-за несогласия с местным клиром». Поскольку факт принадлежности Исаака Сирина к Церкви Востока уже ко времени протоиерея Г. Флоровского был установлен наукой, в течение XX в. он не оспаривался никем из русских или западных учёных. Однако православных учёных он ставил перед проблемой: как великий святой, память которого почитается в православной церкви, мог быть несторианином? Некоторым решение проблемы виделось в том, что Исаак Сирин лишь «формально» принадлежал к несторианской церкви. Такого мнения придерживался известный русский патролог архиепископ Василий (Кривошеин), отмечавший, однако, что «самый факт принадлежности его (хотя бы формальной) к несторианской церкви ставит перед православным богословским сознанием серьёзные проблемы о природе церкви и о возможности благодатной жизни и святости вне видимых её пределов».