26 августа 1839 г. священным Кинотом была издана «Выпись актов» о нормализации отношений между обителями, однако новая омология выдана только в 1892 г. Статья №7 «Выписи актов» свидетельствовала о нестроениях в скиту: «Управляющему Скитом Дикею постановляется в обязанность наблюдать за поведением своей скитской братии». «По силе прежнего условия все каливы и виноградники, какие находятся в отмежёванных границах скита, составляют его собственность, а вне этих границ скитские отцы не должны строить калив». Пантократор дозволял «отцам русским, обитающим в ските, строить начатую церковь Св. Митрофана и возобновлять, когда они захотят, скитские здания, но без всяких затей. Когда понадобится лес для обжигания извести и обновления зданий скита, тогда отцы русские с дозволения м. Пантократорского рубят дерева из лесных дач. Равным образом дозволяется им рубить свободно и дрова, нужные для отопления келий». Скит пророка Илии обязывался «ежегодно вносить в м. Пантократорский 1500 пиастров (88 р. с(еребром) с четями) за 25 иноков; а в случае увеличения числа их прибавляет по два голландских червонца за каждого сверхштатного монаха». Дикей избирается «скитскими отцами и утверждается м. Пантократорским». Новых насельников скит обязывался сначала представлять «для испытания» в монастырь Пантократор. С 1839 по 1841 г. сменилось пять скитоначальников. После окончательного удаления иеросхимонаха Павла скитом управлял один из его главных гонителей – архимандрит Акакий (в схиме Антоний), затем – иеромонах Иоанникий (ум. в 1851 г.), архимандрит Серафим и схимник Илия. В августе 1841 г. путём жребия настоятелем скита пророка Илии был избран болгарин иеросхимонах Паисий (1796–1871 гг.). Возрождая уставную жизнь скита, он с равной любовью принимал как малороссов, так и великороссов. 17 июля 1845 г. скит пророка Илии посетил великий князь Константин Николаевич, поклонился частицам Древа Животворящего Креста Господня и другим святыням, остался на ночлег, на следующий день молился на литургии. В память об этом посещении в келейном корпусе была установлена мраморная плита с надписью: «На сём месте, в бывшем старом здании, Его Императорское Высочество Государь Великий князь Константин Николаевич ночевал 17 числа июля 1845 года». Это посещение благотворно сказалось на развитии обители. Ранее скит был малоизвестен, теперь многие узнали о нём за пределами Афона, в том числе и в России. После визита великого князя пантократорские проэстосы стали оказывать больше уважения скиту. 16 июня 1867 г. скит пророка Илии посетил великий князь Алексей Александрович. После 1840 г. в скиту действовали Ильинская, Благовещенская, Митрофаниевская церкви. Соборный храм во имя Илии пророка был, по словам Парфения, «не велик, но и не мал, порядочный и весьма светел и прекрасен, с куполом, но не такой, как у греков и болгаров». Вечерня совершалась «по чину святогорскому, но нечто и по-русски; читали по-славянски, пели напевом киевским; все правили чинно и не борзясь». Утреню служили «по обычаю русскому и святогорскому, кротко, не борзясь. Каноны не пели, но читали, с пророческими песньми; каждение было по-афонски, подобно как в Хиландаре; и было два чтения».