Однако в сакре (ритуальном вступительном слове) не было сказано о том, что самого Александрийского епископа император считает, по меньшей мере, одной из споривших сторон. Не было сказано и о том, что с объявлением Вселенского собора все постановления Римского собора сведены к нулю, и дело должно быть рассмотрено заново. Кирилл полагал, что Вселенскому собору остаётся лишь завершить то, что было постановлено на Римском соборе. Поскольку папа Римский Целестин I (422–432 гг.) исполнение этого постановления возложил на Кирилла, то Кирилл в Эфесе действовал как его заместитель, следовательно, как естественный председатель. На своего уполномоченного император возложил обязанность заботиться о мирном ходе соборных заседаний, но не вмешиваться в суть совещаний. В сакре было сказано, что Собор должен быть открыт на другой день Пятидесятницы, когда соберутся все епископы, но не было сказано, как быть уполномоченному, если соберутся не все. Исследователи из коптского перевода деяний Собора сделали вывод, что Иоанн Антиохийский объяснял своё поведение ещё заранее, писал, что к сроку прибыть не сможет и получил на это разрешение в Константинополе. Но переписка по этому делу имела секретный характер, поэтому поведение Иоанна вызвало различную оценку. Уполномоченный императора Кандидиан решил ждать Иоанна. Но когда он попытался выразить протест против открытия Собора, отцы сказали, что действуют на основании сакры, а на что опирается Кандидиан, они не знают. Тут Кандидиан сделал промах: прочитал сакру, в которой ему поручалось заведовать только внешней стороной Собора и которая должна быть прочитана при открытии Собора. Но поскольку сакра уже прочитана, то его просили не вмешиваться, и Кандидиан ушёл. Об этом стало известно на Соборе, который открыл Иоанн (сакры в деяниях Собора не значится, видимо, Кандидиан её не оставил). Когда Иоанн Антиохийский прибыл на Собор, отцы отправили ему извещение, чтобы он не вступал в общение с низложенным Несторием. Иоанн собрал свой Собор (не менее чем из 43 членов), выслушал отчёт Кандидиана о первом заседании и низложил Кирилла и Мемнона, как главных вождей незаконного деяния, а прочих их сочленов объявил вне общения, пока они не отступятся от Кирилла и не перейдут к нему. На все юридические недочёты первого заседания здесь ответили деянием уже совершенно противозаконным (Кирилла и Мемнона даже не вызвали); Кандидиан примкнул к стороне Иоанна. Как только отцам Собора стало известно определение Иоанна против них, они стали готовиться к торжественному богослужению в храме. Кандидиан, узнав об этом, ходил к ним и просил не делать этого, но отцы Собора показали полное презрение к определению Иоанна и, следовательно, подвергли себя лишению сана. В этой церковной смуте твёрдая государственная власть, на авторитет которой ссылались обе стороны, могла много сделать в интересах церковного мира. Император мог или устраниться от всякого вмешательства в церковные вопросы и предоставить умиротворение церкви её собственным силам, или принять дело к своему рассмотрению: с доверием отнестись к показаниям своего уполномоченного и признать первое заседание преждевременным, или решить, что Кандидиан неправильно истолковал его намерения, и встать на сторону решения первого заседания. Но Феодосий II не был способен ни к какому твёрдому шагу. Слабохарактерный, он всю жизнь нуждался в чьей-либо опеке, состоял под чьим-нибудь влиянием, часто был игрушкой в руках своих продажных придворных, поэтому от его церковной политики можно было ожидать всяких противоречий.