В конце июня патриарх прибыл в Смоленск, откуда обратился к царю Феодору Иоанновичу (1584–1587 гг.) с просьбой о разрешении посетить Москву. На Руси ещё не было известно о переменах на Константинопольской кафедре, и в Москве ожидали, согласно грамоте 1587 г., прибытия Константинопольского патриарха Феолипта II и Иерусалимского патриарха с наказом от всех восточных патриархов, «как соборовать и учинить Патриарха» на Руси. Поэтому, послав навстречу Иеремии II почётного пристава С. Пушечникова с разрешением приехать в Москву, царь поручил приставу узнать у Иеремии II, «каким обычаем патриарх к государю поехал и ныне патриаршество Цареградское держит ли, и нет ли кого другого на этом месте, где Феолипт, бывший прежде патриархом, кто из них двух по возвращении Иеремии будет патриаршествовать, и кроме его нужды, что едет за милостынею, есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ; честь же к патриарху держать великую, такую же, как к нашему митрополиту». 11 июля Иеремия II прибыл в Москву, где был встречен с большими почестями и размещён на Рязанском подворье. Через пять дней патриарх был принят царём Феодором Иоанновичем и царицей Ириной, одарен серебром, деньгами и соболями. Иеремия II передал царю и царице привезённые в Москву святыни, в том числе шуйцу апостола Иакова, перст святителя Иоанна Златоуста, часть мощей равноапостольного императора Константина. После торжественного приёма состоялись переговоры Иеремии II с Борисом Годуновым, во время которых выяснилось, что патриарх не готов обсуждать договорённости 1586 г. русского правительства с Антиохийским патриархом Иоакимом V Дау об учреждении патриаршества на Руси и приехал только «ради милостыни на церковное строение». Иеремия II настаивал, что без соборного обсуждения он такой важный вопрос решить не может. Оказавшись фактически под домашним арестом на Рязанском подворье, патриарх пошёл на уступки, предложив Москве автокефалию, подобную той, что имела Охридская архиепископия. При этом необходимо было поминать Константинопольского патриарха за богослужением и получать от него св. миро. Но к этому времени Русская церковь полтора века была фактически автокефальной. Однако советник Иеремии II Монемвасийский митрополит Иерофей осудил патриарха даже за эту уступку русским. Но Иеремия II продолжил поиски компромисса: он был готов сам, устав от бесконечных невзгод в Константинополе, остаться патриархом на Руси. Русская сторона предложила ему в таком случае резиденцию во Владимире, в Москве при государе останется митрополит Иов. Иеремия II соглашался стать русским патриархом только при условии размещения его в Москве. Переговоры Бориса Годунова с Иеремией II продолжались почти полгода. После 13 января 1589 г. Иеремия II дал обещание поставить на Руси патриарха из русских и благословить дальнейшее поставление патриарха на Руси Собором русских архиереев; царь же должен был отпустить его в Константинополь. 17 января 1589 г. Феодор Иоаннович созвал боярскую Думу вместе с церковным Собором: в Москву прибыли три архиепископа, шесть епископов, пять архимандритов и три соборных монастырских старца. Царь объявил, что Иеремия II не желает быть патриархом во Владимире. Феодор Иоаннович решил просить у Иеремии II благословения на поставление Иова в патриархи града Москвы. В тот же день была собрана Дума с Освященным Собором, и государь обратился к Иову, испросив у митрополита мнение относительно учреждения патриаршества. Иов ответил, что он вместе со всеми архиереями и Освященным Собором «положили на волю благочестивого государя царя и великого князя». Процедура избрания и поставления патриарха была утверждена на основе чина патриаршего поставления в Византийской церкви и русского чина митрополичьего поставления 1564 г. В греческом чине русскую сторону не устроило отсутствие повторной (а в случае с патриархом Иовом третьей) епископской хиротонии (повторение хиротонии принято на Руси при перемещении архиерея с кафедры на кафедру). 19 января Иеремия II представил чин наречения и поставления, и в тот же день определил датой наречения 23 января, а поставление должно было совершиться в ближайшее воскресенье – 26 января.