Первоначально трудился в хлебне, на кухне, а затем вместе с Тимофеем ухаживал за больным строителем Исаией (Зубковым). «Мы оба, – писал Тимофей старице Досифее, – находимся при батюшке отце строителе Исайе, ево немощам служим щастливыми себе почитателями, что привёл нас Господь послужить ему добродетельному старцу и отцу нашему – м. с., что по Исайе нет другово Исайи» (Центральный государственный архив Республики Мордовия). Вскоре Иона стал келейником парализованного иеромонаха Исаии: возил его на тележке в храм, другие места, в том числе и в Дальнюю пустыньку к преподобному Серафиму Саровскому. Позже Исайя рассказал Андрею Николаевичу Муравьёву о первой встрече с преподобным Серафимом Саровским: «Он взял меня за голову и поцеловал, потому что был чрезвычайно ласков к каждому приходящему, и сказал только: “Спасайся, будешь монах”». После кончины строителя иеромеонаха Исаии I (4 декабря 1807 г.) Исаия стал келейником и письмоводителем нового настоятеля иеромонаха Нифонта (Черницына). В личном деле, в разделе «Где обучался и окончил курс учения», Исаия записал: «Никаким высшим наукам школьным не обучался, кроме изучения одной русской грамоты читать и писать». Из переписки с братом Тимофеем исследователям ясно, насколько старательно Иона выполнял послушания одновременно и келейника, и письмоводителя, трудясь иногда в ущерб здоровью. В письме от 11 ноября 1808 г. старший брат советовал Исаие «щадить грудь свою слабую», не обременяя чрезмерно; «делать столько, сколько можно, по совести, невозможного же и Бог не требует», верить, что послушание выше всех добродетелей. 8 июня 1811 г. купеческого сына ИонуПутилова было дозволено принять в число саровских послушников. 3 июня 1812 г. Иона был посвящён в стихарь, 6 сентября того же года пострижен в монашество с именем Исаия в честь пророка Исаии. 15 августа 1813 г. при посещении Саровской пустыни епископ Тамбовский и Шацкий Иоан (Василевский) рукоположил Исаию во диакона, 14 марта 1815 г. – во иерея. В 1817 г. Исаия сопровождал Нифонта (Черницына) во время поездки в Санкт-Петербург. С назначением 1 ноября 1822 г. казначеем Саровской пустыни Исаия стал первым помощником и доверенным лицом игумена Нифонта (Черницына). 26 июня 1827 г. Исаия был награждён набедренником. Современники считали, что после кончины в 1841 г. братского духовника иеромонаха Илариона (Здобина) именно Исаия стал «главной опорой пустыни», отмечали его кроткий нрав, мирные отношения с братией. Сохранилось воспоминание монаха, прибывшего в Саров за благословением старца Серафима. Преподобный направил его к Исаие со словами: «Это ангел, а не человек». В письмах многочисленные родственники просили Исаию о молитвах Серафима Саровского, а он в ответ посылал краткие наставления преподобного. 2 января 1833 г. Исаия присутствовал во время установления факта смерти преподдобного Серафима Саровского, затем участвовал в его отпевании.