Вместо пострадавшей от взрыва церкви тот же зодчий в 1805 г. начал в 20 саженях от холодного Ильинского храма, интерьер которого он несколько изменил, постройку зимней церкви благоверного князя Александра Невского с колокольней. 23 сентября 1806 г. состоялось освящение храма. Иконостас для него взяли из уже закрытой Георгиевской церкви. Оба классицистических храма в 1841 г. были соединены друг с другом и вмещали около 900 человек. В 1875–1877 заводской архитектор Никодим Вацлавович Лиссопацкий сделал в Александро-Невской церкви хоры, пристроил апсиду и притвор. Купол Ильинской церкви в 1901–1902 гг. по проекту инженера Симонова был поднят, а колокольня надстроена. 8 июля 1911 г. произведено малое освящение этой церкви после капитального ремонта, когда интерьер заново расписали Иван Кузьмич Федоров и В.Я. Оранский. В Ильинской церкви хранились два медных золочёных креста-мощевика, один из которых поступил в 1841 г. из упразднённой Троицкой церкви в пригородном имении Приютино известного деятеля культуры Алексея Николаевича Оленина, годом раньше подарившего приходу копию «Моления о чаше» Фёдора Антоновича Бруни. На заводе, по проекту Ивана Петровича Мааса, в память 4 апреля 1866 г., когда Александр II спасся от покушения Дмитрия Владимировича Каракозова, была построена каменная часовня святого Александра Невского, а позже ещё одна – Никольская. Были приписаны к храму и другие часовни: одна – на заводской плотине, другая – в селении Пороховых заводов, третья, Казанская (1895 г., архитектор Виктор Александрович Рейс), – на Ржевке в память спасения Александра III в Борках. В 1820 гг. на реке Луппе устроили новое Пороховское кладбище, где в 1832 г. освятили деревянную Никольскую часовню, в 1911 г. перестроенную. В приходе совершалось несколько крестных ходов, самым старым и известным из них было шествие по посёлку в Ильин день, проводившееся с 1744 г.; другой крестный ход шёл летом, в Казанскую, в деревни Ржевку и Жерновку. Начало и конец рабочего сезона тоже отмечались крестным ходом. С 1873 г. при храме действовало Охтинское благотворительное общество. Поскольку завод подчинялся военному ведомству, то и церковь управлялась военным протопресвитером. Полвека (с 1806 г.) в ней прослужил Алексий Васильевич Заводский; последним перед революцией настоятелем был назначенный в 1904 г. протоиерей Арсений Фёдорович Успенский. Ильинская церковь (ставшая в 1923 г. обновленческим собором) была закрыта 7 августа 1938 г.; ценные иконы отданы в музей «Исаакиевский собор», здание передано штабу МПВО. В 1974 г. оно горело, и в пожаре погиб ценный плафон. С 1983 г. храм медленно ремонтировался, и в 1988 г. возвращён верующим. 22 декабря того же года протоиерей Владимир Сорокин, ректор Духовных школ, освятил в нём придел святого Александра Невского, а 2 августа 1989 г. митрополит Алексий – главный, Ильинский. Часовня на Пороховском кладбище стала с 1929 г. обновленческой церковью святителя Николая (закрыта и снесена в 1938 г.).