Франциск назначил Петра Катанео генеральным викарием, чтобы он отвечал за повседневное управление Орденом. Когда Пётр умер 10 марта 1221 г., Франциск продемонстрировал своё доверие к Илии, назначив его преемником Петра на посту генерального викария. Илия занимал эту должность в течение пяти лет, когда Франциск умер 3 октября 1226 г., и затем на него были возложены текущие обязанности и руководство временным захоронением святого в Сан-Джорджо. Великий покровитель францисканцев и их официальный защитник, кардинал Уголино незадолго до этого был избран папой и принял имя Григорий IX. Новый папа немедленно объявил о своём намерении построить великолепную церковь, чтобы вместить тело маленького бедняка, которого он знал и почитал. Это задание было поручено брату Илии. Элиас сразу же начал строить планы возведения большой базилики в Ассизи. Илия был мирским монахом и поощрял других мирян вступать в Орден. Это вызвало сопротивление многих монахов и провинциальных министров, которые также выступали против усиления централизации Ордена. Чтобы построить базилику, Илия с санкции папы получил в дар так называемую «Коллис инферни» на западной окраине города и начал собирать деньги различными способами для покрытия расходов на строительство. Тем самым Элиас также оттолкнул фанатиков в Ордене, которые полностью разделяли мнение Франциска по вопросу бедности, так что на капитуле, который состоялся в мае 1227 г., Элиас был отвергнут, несмотря на его выдающееся положение, и Джованни Паренти, провинциальный министр Испании, был избран генеральным министром Ордена. Уже во время правления Илии Кортонского в Ордене чётко обозначились два течения, по разному понимавшие заветы Франциска, а главное – его отношение к бедности и к строгости соблюдения Устава. С развитием Ордена и превращением его в многочисленную и мощную монашескую структуру стали возникать различные проблемы практической организации жизни и деятельности братьев. 28 сентября 1230 г. папа Григорий IX в булле «Quo elongati» дал первое толкование Устава и «Завещания святого Франциска», указав, что «Завещание» имеет только духовное, а не юридическое значение. Поскольку Орден не обладал собственностью, а вся недвижимость, которой он пользовался, принадлежала Римской церкви, то для распоряжения ею папа назначил прокураторов. Внутренняя борьба этих течений, хотя и не раз омрачавшая жизнь францисканской общины, не было препятствием для исполнения их апостольства. Она принципиально отличалась от царящей в этом мире борьбы за власть и богатство, ибо это была борьба за совершенную бедность: нищие монахи все время казались себе недостаточно бедными. Хотя Элиас пытался занять пост генерального министра при Генеральном капитуле 1230 г., он был избран только на капитуле 1232 г. Таким образом, он стал после основателя вторым генеральным министром Ордена Младших братьев. Почти сразу его преемственность вызвала споры и привела к расколу внутри Ордена. Некоторые из его самых яростных критиков были первыми соратниками святого Франциска, например, простой брат Джайлс, брат Массей и брат Лео, секретарь и соратник святого Франциска.