В «Сумме теологии», помимо критики триадологических идей Иоахима Флорского, Фома Аквинский предпринял попытку последовательного опровержения тезиса иоахимитов о том, что новозаветное откровение не длится до конца этого мира, но должно быть прекращено и заменено новым откровением Святого Духа. Ещё более жёстко с учением о «новом евангелии» полемизировал Бонавентура, который писал: «После Нового Завета не будет никакого другого завета, и никакое из таинств Нового Завета не может быть устранено, поскольку это вечный Завет». В XIV в. – начале XVI в. подлинные сочинения Иоахима Флорского широкому кругу церковных писателей были практически неизвестны, однако значительный интерес к иоахимитским идеям и пророчествам в монашеской среде сохранялся. Предпринятые М. Ривз и А. де Любаком исследования, задачей которых было выявить основные этапы распространения и развития иоахимитских концепций после смерти Иоахима Флорского, показали, что иоахимитское влияние прослеживается в трудах известных проповедников Бернардина Сиенского (ум. в 1444 г.), Винсента Ферье (ум. в 1419 г.) и Джироламо Савонаролы (ум. в 1498 г.), у многих представителей итальянского гуманизма, а также у ряда представителей монашеских Орденов иезуитов и августинцев-еремитов; отголоски эсхатологических построений Иоахима Флорского исследователи  видят в концепциях некоторых еретических религиозных движений этого периода. Интерес к Иоахиму Флорскому и иоахимитским идеям проявляли некоторые деятели Реформации. Так, один из её вождей, Томас Мюнцер (ум. в 1525 г.), в письме от 2 декабря 1523 г. писал о своих оппонентах: «Они приписывают моё учение аббату Иоахиму и с большой насмешкой называют его вечным евангелием; из его сочинений я читал только «Толкование на Иеремию», однако не оттуда взял своё учение, но из Слова Божия». Имя Иоахима Флорского в связи с идеей «вечного евангелия» встречается и у мыслителей Нового времени, например, у Готхольда Эфраима Лессинга (1729–1781 гг.). Однако к этому времени имя Иоахима Флорского окончательно стало символом антиклерикальной апокалиптики, он считался одним из средневековых «еретиков», а его подлинные идеи оказались забытыми. Начало научному изучению сочинений Иоахима Флорского было положено в конце XIX в.; в первой половине XX в. было выпущено несколько научных изданий его сочинений и ряд монографий о нём, главным образом, силами итальянских учёных. Серьёзный вклад в изучение обстоятельств жизни и ряда важных пунктов учения Иоахима Флорского был внесён Х. Грундманном, который занимался его наследием больше 50 лет начиная с 1920 гг. Во второй половине XX в. было опубликовано значительное число научных работ, посвящённых исследованию жизни, сочинений и учения Иоахима Флорского, благодаря которым исследователям удалось отделить подлинные сочинения Иоахима Флорского от подложных и опровергнуть значительное число устоявшихся интерпретаций учения Иоахима Флорского, которые базировались не на его трактатах, а на идеях, развивавшихся его последователями в рамках иоахимитского движения. В 1982 г. в Флорском монастыре был организован Международный центр иоахимитских исследований, который провёл ряд посвящённых Иоахиму Флорскому научных конференций и начал издавать специальный журнал «Florensia», в котором публикуются посвящённые Иоахиму Флорскому статьи. В настоящее время под эгидой Центра продолжается издание критического собрания сочинений Иоахима Флорского.