Конфискация Греческим государством в 1920 гг. монастырских земель и подворий с целью размещения греков – беженцев из Турции привела к экономическому упадку монастыря Иоанна Предтечи. Только владения Тумбеца и Дервесия составляли 9 тыс. стремм. Число братии стало уменьшаться. В 1941–1944 гг., в ходе Второй мировой войны, часть Северной Греции снова была оккупирована болгарской армией. Иноки были изгнаны из монастыря; в нём поселились два болгарских монаха из келлии «Достойно есть», принадлежавшей афонскому монастырю Пантократор (январь 1942 г. – октябрь 1944 г.). В августе 1942 г. из монастыря Иоанна Предтечи в Софию были вывезены 22 византийские иконы, две хоругви, два антиминса, пять бумажных рукописей и другие предметы. В 1945 г. был отменён запрет женщинам входить в монастырь, установленный преподобным Иоанном. К моменту преобразования монастыря Иоанна Предтечи в женский в нём подвизался только один насельник – игумен Хризостом. В августе 1986 г. монастырь Иоанна Предтечи был заселён общиной из четырёх человек (кафигуменья Феврония, монахини Маркелла, Фёкла и Вриена) из монастыря Пресвятой Богородицы «Одигитрия» в Портарье близ Волоса. Их духовным отцом был кафигумен афонского монастыря Филофея Ефрем. Значительные усилия к восстановлению монастыря приложил Серрский и Нигритский митрополит Максим (Ксидас). Были отремонтированы кафоликон, восточный келейный корпус, хозяйственные постройки. Восстановлено подворье Продромуди в Сересе. В настоящее время в монастыре Иоанна Предтечи есть 12 парекклисионов. Престольный праздник – Усекновение главы св. Иоанна Предтечи (29 августа). В монастыре Иоанна Предтечи подвизаются 27 монахинь, игуменья – Феврония (Кроммида). Сёстры занимаются иконописью, золотным шитьём и рукоделием, садоводством, изготовлением ладана, свечей и кондитерских изделий. Небольшой монастырский комплекс, построенный при епископе Иоанникии, был расширен к западу преподобным Иоанном. Возведённые на рубеже XIII и XIV вв. монастырские стены с четырёхэтажной башней в юго-западном углу (воздвигнута в 1304 г.) неоднократно перестраивались, в поствизантийский период они были укреплены контрфорсами. Стены обстроены зданиями: в северном крыле, пострадавшем от пожара 1820 г., кроме келий размещены пекарня, маслобойня и винодавильня, поварня (1555, 1838 гг.), трапезная, здание бывшей семинарии, в южном – резиденция игумена, архондарик (синодикон), парекклисионы Благовещения Пресвятой Богородицы (1857 г.) и св. Таксиархов (1634 г.), церковная лавка. Главные ворота устроены в западной стене, к северу от них находится здание гостиницы, к югу – больницы. Парекклисион Рождества св. Иоанна Предтечи (Продромуди), примыкающий с востока к апсиде кафоликона, считается древнейшей монастырской церковью, основанной епископом Иоанникием. Это – небольшой одноапсидный храм, перекрытый цилиндрическим сводом. Сохранились росписи алтарной части, южной стены и несколько фрагментов в верхней части западной стены. Часть фресок была утрачена, когда в южной стене растесали два оконных проёма. В ходе реставрационных работ (1992 г.) выяснилось, что традиционная датировка росписей 1535 г. неверна, и речь идёт только о поновлении в этом году фресок на средства архонта Фомы Калкоса.