Вахрам V передал узников в распоряжение Михр-Шапура, и по его приказу их, раздетых и разутых, со связанными за спиной руками, в течение недели уводили каждую ночь далеко в горы и оставляли на весь день лежать на спине, давая скудную пищу и воду. Затем арестованным передали повеление шаханшаха поклониться солнцу под угрозой того, что их будут волочить за ноги по горам, до тех пор пока они не умрут. К этому времени некоторые из арестованных уже находились без сознания, другие были сломлены пытками. Правитель велел их развязать и отправить в Селевкию, не принуждая поклоняться солнцу или огню. Там, залечивая раны, они постились, молились и оплакивали своё малодушие. Иаков Нотарий в знак раскаяния облачился в мешковину и посыпал голову пеплом. Через некоторое время слуга Иакова Нотария донёс, что его хозяин не отрёкся от своей веры. Михр-Шапур вызвал на допрос 16 бывших арестантов. Первые 15 подтвердили своё отречение и были освобождены. Когда подошла очередь Иакова Нотария, он, несмотря на избиение и угрозы, заявил, что не отрекался от христианской веры и не собирается этого делать. Затем он предстал перед царским судом, где напомнил Вахраму V о трагической гибели его отца Йездигерда I, начавшего гонения на христиан. Раздражённый смелостью Иакова Нотария Вахрам V предал его казни «девяти смертей», которая заключалась в последовательном отсечении пальцев рук и ног, кистей рук, ступней, предплечий, голеней, ушей, носа и головы. Казнь состоялась в месте под названием Слик-Харубта (сир. – развалины Селевкии). Несмотря на запрет властей, христиане собрали отсечённые конечности Иакова Нотария. Туловище и голова по распоряжению правителя должны были быть брошены на растерзание хищникам, но купцы, земляки Иакова Нотария, выкупили их у стражи и несколько дней хранили в монастыре, расположенном по пути к месту казни. Затем они перевезли останки на родину Иакова Нотария и спрятали за городом на территории церкви. Мать Иакова Нотария облекла останки сына в одежду, приготовленную для его свадьбы, и вместе с епископом Саумаем похоронила святого в усыпальнице, устроив поминальную трапезу из того, что предназначалось для брачного пира. Дата кончины Иакова Нотария в источнике не отмечена. Память Иакова Нотария отсутствует в восточных и западных календарях. Жером Лабур предположил, что она отмечалась 27 ноября, но впоследствии эта дата стала днём памяти великомученика Иакова Персиянина. По мнению Ж. Ламбура, Мученичество Иакова Персиянина было составлено на основе Мученичества Иакова Нотария, П. Петерс допускал возможность обратного влияния. П. Дево первоначально воздерживался от категорических суждений по данному вопросу, но в более поздней работе присоединился к точке зрения Ж. Лабура.