В начале правления короля Стефана (1135–1154 гг.) Ранульф был обвинён в организации заговора и бежал из страны. Несмотря на то что епископ Ниджел вернул монахам владения, отнятые Ранульфом, конфликт между епископом и общиной не был исчерпан. Он нашёл отражение в «Илийской книге», своеобразной «хронике-картулярии», написанной в Или в несколько приёмов между 1131 и 1174 гг. Составитель данного текста подверг суровой критике епископа Ниджела, обвинив его в присвоении прав и владений монахов. В 1164 г. у Ниджела случился удар (воспринятый монахами как кара Божья), от которого он так и не оправился вплоть до смерти в 1169 г. В 1189 г. епископом Или стал Вильгельм Лонгшан, канцлер и юстициарий короля Ричарда I (1189–1199 гг.). Однако, потерпев поражение в борьбе за власть, которая развернулась после того, как король отправился в третий Крестовый поход, Вильгельм Лонгшан был вынужден в 1191 г. покинуть Англию. Впрочем, и вернувшись на родину вместе с королём Ричардом в 1194 г., он занимался, прежде всего, административными и дипломатическими вопросами, не уделяя епископству Или серьёзного внимания. В 1198 г., когда в монастыре не было ни епископа, ни приора, монахам позволили самим выбрать настоятеля (привилегия монахов Или избирать приора была подтверждена в 1229 г. буллой папы Григория IX). В XIII в., в периоды, когда епископская кафедра оказывалась вакантной, всё имущество монастыря отходило королю. Но со временем приор и братия добились разделения имущества, для того чтобы монастырь не попадал в материальную зависимость от короля всякий раз, когда кафедра была свободной. Приор Или занимал высокое положение, с 1265 г. заседал в парламенте. В 1413 г. приоры Или получили от антипапы Иоанна XXIII право носить митру и посох. В начале XV в. обострился конфликт между епископом Или и монастырём по вопросам юрисдикции, что повлекло за собой многочисленные судебные разбирательства. Система управления монастырём, сложившаяся к концу XII в., была аналогична той, которая существовала в приорате Кентербери. Часть владений (церкви и земли) была разделена между должностными лицами, также получавшими значительные суммы от казначеев, контролировавших поступления от ренты. Централизованного управления никогда не было. Большая часть монастырских владений приходилась на долю ризничего. Двадцать монахов выполняли различные функции в управлении монастырём. С 1304 г. землями управлял сенешаль (стюард), который был монахом, ему помогал мирянин. Оба назначались епископом и приором, совместно принимавшими решение. Существовали также мирские должности, которые со временем стали передаваться по наследству: привратник, дворецкий и пекарь. При монастыре действовала четырёхлетняя школа с двумя учителями для 23 мальчиков. Кроме того, монастырь владел домом в Кембридже для монахов, обучавшихся в университете. Созданный в X в. епископом Этельвольдом для 70 монахов, в 1093 г. монастырь насчитывал 72 человека, однако впоследствии численность братии значительно сократилась: 53 монаха – в 1349 г., 28 – после «чёрной смерти», 48 – в 1379 г., 44 – в 1427 г., 37 – в 1532 г., 34 – в 1534 г. и 25 – при закрытии монастыря в 1539 г.