Однако, согласно синаксарному Житию, Иоанн был назначен императором Никифором I, что могло произойти уже после начала конфликта между императором и преподобным Феодором в 806 г. Составители Просопографического словаря средневизантийского периода, доверяя упоминанию в источнике императора Никифора, не согласны с датировкой Д. Стьернона, что Иоанн стал игуменом в 805 г. Другая точка зрения принадлежит Г. Фатуросу, который считает, что назначение Иоанна в Кафарский монастырь произошло в последние годы VIII в., и Иоанн был поставлен на пост настоятеля Феодором Студитом, а не императором. Исследователи также не уверены, удалось ли Иоанну вернуться в Кафарский монастырь при императоре Михаиле II Травле. В Синаксаре говорится только, что Иоанн добрался до Халкидона, но ему было запрещено входить в город. В одном из поучений «Малого оглашения» Феодора Студита упоминаются не названные по имени игумены Ираклийский и Кафарский, которые вернули себе занимаемые посты, но не благодаря правой вере, а проявив лояльность к иконоборцам и стремление к власти; по мнению большинства исследователей, речь идёт об Иоанне, который, придя в свой монастырь, возглавлял его до ссылки на остров Афусия. Однако Д. Стьернон выдвинул предположение, что сведения «Малого оглашения» относятся к предшественнику Иоанна – Иосифу Кафарскому. Иосиф, будучи экономом храма Святой Софии, обвенчал императора Константина VI (780–797 гг.) с его второй женой Феодотой, после того как первая жена императора была пострижена в монахини. В результате этого события возник конфликт между патриархами Тарасием (784–806 гг.) и Никифором (806–815 гг.) и Феодором Студитом, который открыто выступил против действий императора и разорвал церковное общение с Иосифом и патриархом Тарасием. В письмах преподобный Феодор неоднократно упоминал Иосифа и осуждал его действия. При этом о компромиссе Иоанна с иконоборцами сведений нет. Таким образом, исследователи предполагают, что Иосиф стал игуменом Кафарского монастыря при императоре Михаиле II Травле, а Иоанн, как и большинство ссыльных монахов, должен был оставаться на азиатском берегу Босфора или Пропонтиды. Что касается даты кончины Иоанна, то на этот счёт тоже не существует единого мнения. Большинство исследователей указывают 835 г., исходя из того что гонения на иконопочитателей при императоре Феофиле начались в 832–833 гг., Иоанн был отправлен в ссылку и умер спустя два с половиной года. Однако Д. Стьернон, основываясь на упоминании в Синаксаре патриарха Иоанна VII Грамматика, при котором Иоанн был сослан, соответственно относит это событие к 837 г. и считает датой кончины святого 839 г.