Его семья была захвачена в плен, и Иоанн Аргиропул в течение нескольких лет добивался её освобождения, собирал средства на выкуп в Морее и Италии. По мнению исследователей, окончательно воссоединить семью Иоанна Аргиропула удалось только к моменту переезда во Флоренцию в 1456 г. Некоторое время Иоанн Аргиропул прожил в Морее; в 1455–1456 гг., исполняя дипломатическое поручение деспота Фомы Палеолога, посетил дворы папы Каллиста III, Миланского герцогства, Франции и Англии, прося о помощи Морее в борьбе против турок. Его миссия, скорее всего, как полагают исследователи, завершилась безрезультатно. В октябре 1456 г. Иоанн Аргиропул был избран преподавателем философии во Флорентийской академии, что позволило ему с семьёй жить в этом городе. 4 февраля 1457 г. он прочёл свою инаугурационную лекцию. Иоанн Аргиропул преподавал греческий язык и античную философию, особое внимание уделяя учениям Платона и Аристотеля. При этом он не был склонен противопоставлять традиции платонизма и аристотелизма, предпочитая представлять древнюю философию как нечто единое и видеть в разногласиях мыслителей лишь свидетельство богатства античной традиции. Исследователи полагают, что влиянием Иоанна Аргиропула объясняется происшедшая в эти годы постепенная смена интересов флорентийских гуманистов: от изучения греческой риторики они обратились к исследованиям метафизики платонизма. Иоанн Аргиропул, прекрасно владевший латынью и итальянским языком, пользовался большой популярностью в кругах образованной флорентийской элиты. Среди его учеников были видные деятели эпохи гуманизма Анджело Полициано, Бернардо Платина, Пьетро Филиппо, Веспасиано да Бистиччи, Донато Аччайуоли, Аламанно Ринуччини и др. Козимо Медичи столь высоко ценил Иоанна Аргиропула, что в начале 1460 гг. подарил ему дом на Виа Ларга; учениками Иоанна Аргиропула были сын Козимо Пьетро (правитель Флоренции в 1464-1469) и внук Лоренцо Великолепный (правитель Флоренции в 1469–1492 гг.). В 1466 г. в качестве оценки заслуг Иоанна Аргиропула он и его семья получили гражданство Флорентийской республики. В 1471 г. Иоанн Аргиропул переехал в Рим. Причина переезда исследователям неясна; они полагают, что на Иоанна Аргиропула повлияла смерть одного за другим трёх старших сыновей (Александра, Николая и Варфоломея). В Риме он стал одним из помощников кардинала Виссариона при дворе папы Сикста IV. При папской курии он продолжал преподавать греческую философию, его учеником был Иоганн Рейхлин. Однако смерть кардинала Виссариона (1472 г.) не позволила Иоанну Аргиропулу добиться столь же влиятельного положения в Риме, какое было у него во Флоренции. В 1477–1481 гг. Иоанн Аргиропул вернулся на работу во Флорентийскую академию. Затем вновь по неясной для исследователей причине уехал в Рим и провёл там последние годы жизни; преподавал в Греческой академии, основанной его учеником Иоанном Ласкарисом. Его младший сын Исаак стал придворным музыкантом герцогов Сфорца в Милане. Иоанн Аргиропул был известен как переводчик с греческого языка на латынь классических произведений Античности: сочинений Платона, Аристотеля, творений Василия Великого. Деятельность Иоанна Аргиропула существенно повлияла на рост знаний западноевропейцев о греческой культуре Античности и Византии, на развитие культуры Ренессанса. Из собственных сочинений Иоанна Аргиропула сохранился догматический трактат «О Святом Духе», написанный, как полагают исследователи, около 1450 г., в котором он следует католической традиции богословия. Также исследователям известны энкомии в честь византийских императоров Иоанна VIII и Константина XI, папы Николая V, три письма Георгию Трапезундскому.