Несмотря на то что в это время Болгария поддерживала связи с папской курией, и государство часто посещали францисканские и доминиканские миссии, религиозная политика Иоанна Александра сформировалась, прежде всего, под влиянием идей исихазма, в его правление произошёл ряд важных событий в Болгарской православной церкви. Во-первых, по его инициативе и при его участии в Тырнове было созвано два церковных Собора. Первый (1350 или 1351 г.) осудил проповедь последователя Варлаама Калабрийского монаха Феодосия из Константинополя, имевшего влиятельных сторонников в Тырнове, а также «мессалианскую» (как полагают исследователи, богомильскую) ересь изгнанных с Афона монахов Кирилла и Лазаря, а второй Собор (1359 или 1360 г.) был призван ограничить влияние иудейской общины Тырнова. Во-вторых, болгарский царь покровительствовал Григорию Новому Синаиту (см. Григорий Новый), который основал на юге Болгарии, в Парории, монастырь, ставший одним из центров исихазма на Балканах. Ученики и последователи подвижника, после его смерти перешедшие в Килифаревский монастырь, стали элитой болгарского духовенства. В-третьих, борьба с Византией в 1340–1350 гг. отразилась на формировании направленной против Константинополя идеи «Тырново – новый богоспасаемый Царьград», получившей развитие в переводе хроники Константина Манассии и в ряде созданных в Тырнове рукописей. Во второй половине 1340 – начале 1350 гг. Тырновская патриархия вступила с Константинополем в открытый конфликт, вызванный участием её предстоятеля Симеона в царской коронации Стефана Душана (1346 г.) и в провозглашении Сербской патриархии, а также неканоническим поставлением в Тырнове «некоего Феодорита» в митрополиты всея Руси (1352 г.). Имя Вселенского патриарха было исключено из диптихов Болгарской церкви, о чём упоминается в письме тырновскому духовенству Вселенского патриарха Каллиста I (1350–1353, 1355–1363 гг.) от 1355 г. Судя по сохранившимся грамотам, исследователи сделали вывод, что Иоанн Александр оказывал существенную поддержку многим монастырям: наряду с обителями в Парории и Килифареве богато одаривал монастыри Зограф на Афоне, Драгалевский, Бачковский, скальный монастырь близ Иванова, а также обители Пресвятой Богородицы и святителя Николая в Месемврии (ныне Несебыр) и др. В правление Иоанна Александра достигла расцвета тырновская книжная и живописная школа, он был ктитором (при этом сам иногда решал, переводы каких книг необходимо сделать) ряда дошедших до нас рукописей – Псалтири (Кукленская Песнивца, 1337 г.; Библиотека Болгарской Академии Наук (София). №2); Сборника попа Филиппа (1345 г.; Исторический музей); так называемого Ватиканского кодекса (1343–1345 гг.), в которых содержатся списки славянского перевода хроники Константина Манассии; Лаврентьевского сборника (см. «Иоанна Александра сборник»; 1348 г.; Российская национальная библиотека), Лондонского Евангелия (1355–1356 г.). С его скрипторием исследователи также связывают так называемую Псалтирь Томича (1360–1363 гг.; Исторический музей), Четвероевангелие (XIV в.), Лествицу (XIV в.; Российская национальная библиотека), два Четвероевангелия (XIV в.; Российская государственная библиотека). Ктиторские портреты Иоанна Александра сохранились в миниатюрах Ватиканского кодекса и Лондонского Четвероевангелия, а также в крипте (костнице) Бачковского монастыря и в росписях скальной церкви близ села Иванова.