По свидетельству анонимной сирийской хроники VII в., из разграбленной арабами столицы, где население умирало от голода, Ишояв II переехал в город Карка-де-Бет-Селох провинции Бет-Гармай (Гармакан), но впоследствии вернулся в Ктесифон. Более поздние источники приписывают Ишояву II попытку получения охранной грамоты для христианских общин Ирана от Мухаммада. Но поскольку Мухаммад уже умер (632 г.), грамоту с гарантией безопасности Ишояв II якобы получил от его преемника халифа Абу Бакра (632–634 гг.), а впоследствии она была подтверждена халифом Умаром ибн аль-Хаттабом (634–644 гг.). В этой связи только упоминание Умара заслуживает внимания исследователей, т.к. именно при нём была завоевана персидская Месопотамия, и покорённое население было вынуждено заключать с победителями договоры, определявшие его статус в Арабском халифате. Обычно охранные грамоты выдавались арабскими полководцами представителям населения на местах при соблюдении ими условий мирного договора. Такая охранная грамота должна была быть и у Ишоява II, но обстоятельства её получения исследователям неизвестны. В отношениях с завоевателями иранские христиане предпочитали придерживаться нейтралитета, что официально гарантировало им защиту от внешних врагов, личную неприкосновенность, сохранность имущества и свободу вероисповедания. Длительность патриаршества Ишоява II в разных источниках определяется от 17 до 19 лет; следовательно, Ишояв II скончался между 644 и 646 гг. Он выехал из Селевкии-Ктесифона для урегулирования конфликта между жителями Нисибина и их митрополитом Исааком, заболел в пути и умер в селении Карка-де-Геддан (Карх-Джуддан) на реке Дияла. По свидетельству анонимной сирийскйо хроники VII в., патриарха похоронили в усыпальнице «церкви Карка-де-Бет-Гармай» (по мнению исследователей, в соборной церкви города Карка-де-Бет-Селох, резиденции митрополита). На похоронах присутствовали потомки Йездина, одного из богатейших приближённых Хосрова II и ревностного покровителя иранских христиан. К литературному наследию Ишоява II средневековые авторы относят комментарий к псалмам, проповеди, письма. Из последних сохранилось послание Ишоява II, адресованное Раббан Аврааму из Бет-Мадайе (Мидии), с обоснованием несторианского Символа веры.