Летом 1897 г. инициировал капитальный ремонт обветшавшего Воскресенского кафедрального собора города Уфы, расширил и отремонтировал архиерейский дом, реставрировал крестовую Свято-Духовскую церковь, обновил иконостасы. Прежние иконостасы Иустин передал в устроенную по его инициативе деревянную церковь во имя Всех святых при архиерейском доме, предназначенную для бедных жителей архиерейской слободы. Осенью 1897 г. был заложен каменный фундамент, а 22 мая 1898 г. освящён однопрестольный деревянный храм с колокольней. 22 марта 1897 г. состоялось освящение временной церкви во имя Николая Чудотворца при уфимском железнодорожном вокзале, построенной в память о помолвке последней императорской четы; в 1899 г. была заложена «постоянная» каменная церковь. Иустин освятил приделы уфимской Александровской церкви: правый – во имя великомученика Пантелеимона (26 августа 1897 г.) и левый – во имя великомученицы Екатерины (3 октября 1899 г.). В целом за период служения Иустина в епархии было построено и освящено 26 храмов и 16 молитвенных домов; разрешено вновь строить 23 церкви, 15 молитвенных домов и часовню; дозволено перестроить, возобновить и расширить семь церквей и три часовни. К 1900 г. в Уфимской епархии насчитывалось до 330 самостоятельных приходов и до 366 церквей, свыше 280 церковных попечительств. Храмовому строительству содействовало епархиальное братство, которое приняло участие в возведении и реставрации 192 церквей и четырёх соборов епархии. Заботами Иустина в Уфимской епархии было открыто около 20 приходских школ. В июне-июле 1898 г. в соответствии с распоряжением Синода он устроил в Уфе первые краткосрочные педагогические курсы для учителей и учительниц церковноприходских школ. На курсы прибыл 71 человек, ещё шесть педагогов посещали занятия в качестве вольнослушателей. Для подготовки священнослужителей в инородческие приходы Иустин исходатайствовал перед Синодом разрешение (указ от 28 июля 1897 г.) на приём в пятый класс Уфимской духовной семинарии учащихся (не более четырёх в год), получивших образование в инородческих школах с правами средних учебных заведений, с предоставлением во время обучения в семинарии места проживания и казённой пищи. На 1900 г. в Уфимской духовной семинарии в соответствии с разрешением обучалось пять человек. Большое внимание Иустин уделял устроению монашеской жизни в епархии. В 1897 г. по его представлению игуменом уфимского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря был назначен иеромонах Иоиль. Началось возрождение обители, которая находилась в полном упадке: построено новое, каменное здание монастырского комплекса, восстановлена разрушенная ограда, из Москвы привезён колокол весом 300 пудов. В том же году в уфимском в честь Благовещения Пресвятой Богородицы женском монастыре Иустин освятил храм в честь Иверской иконы Божьей Матери.