По наблюдениям архимандрита Леонида (Кавелина), в конце XIX в. в Троице-Сергиевой лавре Иоанникий почитался местно. Канонизация Иоанникия подтверждена включением его имени в Собор Радонежских святых, празднование которому было установлено 10 июля 1981 г. В составе композиции Собора Радонежских святых Иоанникий представлен в центре нижнего ряда (пятым слева, напротив Павла Обнорского) на иконе «Преподобный Сергий Радонежский с учениками в молении Святой Троице» конца XVII в., написанной в мастерской Троице-Сергиева монастыря (Сергиево-Посадский музей-заповедник). Он изображён в рост, вполоборота вправо, в монашеском одеянии (розовой рясе и коричневой мантии с золотопробельными разделками, с куколем на плечах), у него шапка волнистых волос и округлая борода с обильной сединой, десница воздета вверх; на окладе гравированная надпись: «Прп(д)бныi Iw анiкиi». В некоторых храмах Троице-Сергиевой лавры образ Иоанникия, трактованный в живописной светотеневой манере, введён в монументальный ряд изображений Радонежских чудотворцев. В верхнем регистре росписи алтарной части церкви Явления Божьей Матери Сергию Радонежскому (Михеевской; 1842 г. (?), поновления – 1871, 1947 гг.) помещена полуфигура святого вполоборота вправо, в мантии и епитрахили, с седой, немного раздвоенной на конце бородой и волнистыми, спадающими на плечи волосами, правая рука на груди, левая опущена и повёрнута ладонью; надпись: «Св. преп. Iоанникiй». Ростовой образ Иоанникия в рясе и мантии, руки на груди (на левой – чётки), волосы разделены на прямой пробор, широкая борода с проседью, написан вместе с образом Елисея Радонежского на одном из оконных откосов северной стены трапезной части церкви Сергия Радонежского (1883 г., поновления – XX в.). Исследователи полагают, что Иоанникий также был изображён среди сподвижников Сергия Радонежского в композиции «Построение Свято-Троицкой лавры» на южной стене храма Христа Спасителя (1870 гг., художник Илларион Михайлович Прянишников). На миниатюрах из троицкого списка Жития Сергия Радонежского 1580 – начала 1590 гг. (Российская государственная библиотека) фигуры иноков, учеников святого, за редким исключением, не персонифицированы. Изображения Иоанникия в клеймах житийных икон преподобного Сергия и на сюжетных эстампах исследователям неизвестны.