Во время эпидемии бубонной чумы и последовавшего за ней голода в Парсе и во всей державе Сасанидов (550–560 гг.) Иосиф проявил особую заботу о христианском погребении покойников. После трёх лет правления, отмеченных, по словам хронистов, мудрым руководством делами церкви, в поведении Иосифа произошли перемены. При поддержке влиятельного при дворе великого марзпана Заданфарруха католикос стал открыто нарушать уставы, принимать подношения, брать взятки, проявлять самоуправство в отношении клира, принуждая его утверждать решения, вынесенные без ведома общины. При помощи марзпана Бет-Арамайе он заточил епископа Пероз-Шапурского Симеона, который, не выдержав тягот и унижений, скончался в патриаршей темнице (почитается несторианами как святой). Михрнарсе, епископа Забского, Иосиф заменил Иезекиилем, вскоре снискавшим милость Хосрова. Однако, когда Мар Малка, епископ Дарабгирдский, добился при посредничестве Иезекииля царского охранного письма, чтобы защитить свою паству от гонений, Иосиф, возмущённый тем, что грамота получена без его ведома, пожаловался собранию шахских магов, изъял письмо у Малки и уничтожил его, а затем сместил епископа. Прихожане Парса перестали поминать Иосифа за богослужением и вышли из повиновения ему. Сообщается и о случаях прямого издевательства со стороны Иосифа над просителями из простых верующих. Духовенство и миряне обратились к шаханшаху, который воздержался от вынесения приговора под предлогом уважения к достоинству предстоятеля. В феврале 567 г. выяснилось, что Иосиф ложно обвинил одного христианина в хищении ценностей из царского казнохранилища. После того как Иосиф отверг послания с призывом покаяться, которые восточно-сирийские архиереи неоднократно отправляли ему, они соборно анафематствовали Иосифа и объявили недействительными совершённые им хиротонии. Иосиф не признал их постановление и продолжал совершать рукоположения и освящать храмы. Согласно анонимному источнику, датируемому около 600 г., Иосиф в случае лишения его кафедры угрожал уговорить Хосрова закрыть Нисибинскую богословскую школу. Наконец, несторианский клир, прибегнув к ходатайству придворного врача, добился у Хосрова формального низложения Иосифа. Из-за распрей, возникших между противниками и сторонниками Иосифа, Хосров запретил проводить выборы католикоса, и до кончины Иосифа местоблюстителем оставался Мари, епископ Кашкарский. Иосиф был похоронен в Пероз-Шапуре. Его имя ещё при жизни было вычеркнуто из поминальных списков Церкви Востока. По сведениям позднейших авторов, Иосиф составил список своих предшественников на кафедре и апокрифические утешительные послания от имени Иакова Нисибинского и Ефрема Сирина к низложенному в начале IV в. Папе бар Гагги, епископу Селевкийскому, где осуждалась возможность лишения сана предстоятеля церкви.