В патриаршество Иосифа заметно возросло число иностранцев, присоединившихся к Русской церкви. 28 сентября 1645 г. Иосиф участвовал в венчании на царство Алексея Михайловича. Сразу после этого патриарх был щедро награждён государем и произнёс торжественную речь (Российский государственный архив древних актов). В дни церковных праздников после литургии патриарх присутствовал на приёмах у царя в Кремлёвском дворце, где совершал молебен о здравии всех членов царской семьи (Российский государственный архив древних актов). Тогда же происходило взаимное одаривание царя и патриарха. Приёмы проходили и на Патриаршем дворе. Иосиф молитвенно участвовал во всех значительных событиях в царской семье. В 1648 г. венчал царя Алексея Михайловича и Марию Ильиничну Милославскую, приветствовал новобрачных речью. В день венчания Иосиф отправил в епархии богомольные грамоты (Акты археологической экспедиции, том 4). 23 октября 1648 г. Иосиф послал в епархии богомольные грамоты в связи с рождением в царской семье первенца – царевича Дмитрия Алексеевича (Акты археологической экспедиции). На крещение младенца царь подарил Иосифу два серебряных кубка, драгоценные ткани и другие предметы на 208 руб. 18 февраля 1650 г. Иосиф отправил в епархии богомольные грамоты по случаю рождения царевны Евдокии Алексеевны (Акты археологической экспедиции). Иосиф вступил на общерусскую кафедру в условиях растущего протеста светских сословий (дворян и горожан) против привилегий церкви. В 1641 г. дети боярские обратились к царю с челобитьем об отмене судебных привилегий церкви по делам о беглых крестьянах, и это требование было удовлетворено. На Земском соборе 1642 г., где обсуждался вопрос о войне с Османской империей, горожане и дети боярские предлагали собрать средства на войну с вотчин епископов и монастырей, позднее «всяких чинов выборные люди» ходатайствовали об «отписании на государя» всех городских слобод с торгово-ремесленным населением, большая часть которых принадлежала церкви. В челобитной 9 ноября 1648 г. «все выборные люди всея земли» предлагали отобрать у церкви и раздать детям боярским все земли, приобретённые после принятия Уложения 1649 г. Враждебность светских сословий ослабляла позиции духовенства и давала возможность светской власти решать за счёт церкви собственные задачи. Нуждаясь в средствах на предполагаемую войну с Крымским ханством, правительство в 1645 г. лишило патриарший дом и монастыри права на беспошлинную торговлю. Эти устремления отразились и в Соборном уложении 1649 г. В его составлении духовные лица участия не принимали, текст был принят на Земском соборе 1648/1649 г., решения которого подписал патриарх. Уложение включало нормы не только светского, но и канонического права. Источниками Соборного уложения послужили судебники, Литовский статут, входившие в состав Кормчих Прохирон и «Избрание от закона Моисеева». Государство брало на себя наказание за преступления против веры, вводя смертную казнь за богохульство, за бесчиние в храме во время литургии, за выход из православия. При этом Уложение значительно ограничило церковное землевладение, подтвердило указ 1580 г. и запретило патриарху, епископам и монастырям приобретать новые земли.